Worldwide Geography of Late Season 2011 Displays Hypermorphic Behaviour

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.

Last Update
2011-07-23

On 2011-07-14, the lead public health agency from the United States released 14 matched pairs of HA and NA sequences at GISAID sampled between January and May of 2011 and covering a worldwide geography.  Nine fall into Clade 2: 188T and five are Clade 5: 208K, 219V.  Multi-clade augmentation is noted with Clade 3: 186P appearing on one Clade 5 background.

189 HA Polymorphisms across 86 codons with an average of 13.5 changes per HA.
108 NA Polymorphisms across 47 codons with an average of 7.7 changes per NA.
----
297 Total Polymorphisms with an average of 21.2 changes per matched pair (HA/NA).

Receptor Binding Site

193R: Clade 5 NewYork07_19F_2011_03_14
194I:  Clade 5 Chile293_E3_8M_2011_05_13 (Egg passaged)

Sequences

SortKeys:
SequenceDate Desc,
SequenceID Asc,
SegmentID Asc

. . . . India4947_39F_2011_05_22 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325579
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn19V (GTg),
. . . . . . . . syn53L (cTG),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn103E (GAa),
. . . . . . . . 123A,
. . . . . . . . 166N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn262R (AGg),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn445V (GTa),
. . . . . . . . 454N)

. . . . India4947_39F_2011_05_22 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325578
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn230E (GAg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn346V (GTt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 394A,
. . . . . . . . syn416D (GAc),
. . . . . . . . 469N)

. . . . Chile293_C1_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325557
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 39R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn281T (ACc),
. . . . . . . . syn319T (ACg),
. . . . . . . . syn329S (TCc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))

. . . . Chile293_C1_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325556
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn60T (ACc),
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . Chile293_E3_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325567
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (7 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 39R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 194I,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn281T (ACc),
. . . . . . . . syn319T (ACg),
. . . . . . . . syn329S (TCc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))

. . . . Chile293_E3_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325566
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn60T (ACc),
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . Micronesia6119_13F_2011_05_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325588
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn15S (TCt),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn442D (GAc),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))

. . . . Micronesia6119_13F_2011_05_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325587
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . CanadaOntarioRV1255_69F_2011_05_06 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V Crossing with Clade 3: 186P
. . . . . . . . GISAID HA EPI325560
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . 289V,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . 359A,
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))

. . . . CanadaOntarioRV1255_69F_2011_05_06 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325559
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (2 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 74S,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn229S (TCc),
. . . . . . . . syn236G (GGc),
. . . . . . . . syn241V (GTg),
. . . . . . . . 299A,
. . . . . . . . syn304V (GTa))

. . . . Minnesota11_52F_2011_04_19 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325545
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (7 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 59S,
. . . . . . . . syn69E (GAa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 132T mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218T [Upsilon],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn477T (ACa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Minnesota11_52F_2011_04_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325544
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn161C (TGc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K mix wt,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . ChileSantiago7774_xM_2011_04_14 (
. . . . . . . . Clade 2.Tau:
. . . . . . . . 100N, syn179L, 188T, syn338G, syn448L, 454N
. . . . . . . . GISAID HA EPI325573
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#7V (GTc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn255R (AGg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N)

. . . . ChileSantiago7774_xM_2011_04_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325572
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn298G (GGt) mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . Connecticut08_34M_2011_04_02 (
. . . . . . . . Clade 2.Tau:
. . . . . . . . 100N, syn179L, 188T, syn338G, syn448L, 454N
. . . . . . . . GISAID HA EPI325585
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (6 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . 244R,
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn431L (tTA),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N)

. . . . Connecticut08_34M_2011_04_02 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325584
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn82S (TCt),
. . . . . . . . syn202A (GCg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 343S,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . NewMexico10_40M_2011_03_29 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325563
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 59S,
. . . . . . . . syn69E (GAa),
. . . . . . . . syn96G (GGg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn477T (ACa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewMexico10_40M_2011_03_29 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325562
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 153N,
. . . . . . . . syn161C (TGc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . Venezuela80_30M_2011_03_24 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325554
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn11H (CAc),
. . . . . . . . 17N,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn309Y (TAc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn505G (GGa))

. . . . Venezuela80_30M_2011_03_24 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325553
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 19V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . syn139L (cTG),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn312Y (TAc),
. . . . . . . . 364N,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . AmericanSamoa4520_52M_2011_03_18 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325551
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 262K,
. . . . . . . . 263D,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn367D (GAt),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn474C (TGt),
. . . . . . . . syn478C (TGt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))

. . . . AmericanSamoa4520_52M_2011_03_18 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325550
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 41R,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . NewYork07_19F_2011_03_14 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325548
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn36L (CTt),
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 193R mix wt,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn475D (GAc))

. . . . NewYork07_19F_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325547
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . 84R,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 416E)

. . . . Kenya6758_6F_2011_03_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325582
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 8T,
. . . . . . . . syn32S (TCc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 513V)

. . . . Kenya6758_6F_2011_03_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325581
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn78Q (CAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . ChinaHeilongjiang_Xiangfang191_2011_01_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325576
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn21T (ACc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn47L (tTA),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))

. . . . ChinaHeilongjiang_Xiangfang191_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325575
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn171N (AAt),
. . . . . . . . syn237S (TCc) mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 412Q mix wt)

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