2014-01-07

pH1N1 Drug Resistant Low Reactor: CDC Fall 2013

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.

Publish Date : 2014-01-07
Last Update : 2014-02-01

pH1N1 Drug Resistant Low Reactor: CDC Fall 2013
Geographic Distribution
46 Cases over 49 Sequences

In the 32 days covering 2013-10-17 to 2013-11-19, the United States CDC released a total of 49 pH1N1 sequences at GISAID on 46 human cases sampled from February 2013 to October 2013. Geographic surveillance includes America, Africa, Asia, Brazil, Ecuador, Paraguay and Peru. 

The sequences in this Analytic Report describe a high level of genetic activity at the Hemagglutinin antigenic area between aa155 and aa158 with 5 amino variations and 4 silent revisions.   HA 225G is present in quasi-species on 2 American samples and as dominant form in 2 tropical countries. The Dominican Republic HA 225G Low Reactor Correlate appears on a TamiFlu Resistant strain.  Drug Resistance is also found in 2 US sequences and 1 South American case.

Transport of High-CFR pH1N1 Upsilon polymorphisms remains at high effect on the Hemagglutinin with homology to 34 of the 219 distinct HA polymorphisms in this CDC deposit.

HA Polymorphisms

. . . . HongKong5640_CXC1_49M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5640/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486395
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150167
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn66G (GGg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Arizona03_C1_40M_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Arizona/03/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486389
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150165
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn158G (GGg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn417G (GGc),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID HA EPI485787
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150043
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Maryland08_C1C1_63x_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Maryland/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486407
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150171
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Washington09_C1_32F_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Washington/09/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486379
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150162
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn391T (ACg),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID HA EPI485779
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150042
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn72S (TCg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Utah09_C1_39M_2013_10_06 (
. . . . . . . . A/Utah/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . GISAID HA EPI486401
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150169
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn0T (ACt),
. . . . . . . . syn17D (GAt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn92T (ACa),
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn123T (ACg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286D,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Alabama08_C1_5F_2013_10_05 (
. . . . . . . . A/Alabama/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486398
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150168
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Minnesota08_M2C1_xM_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/Minnesota/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486404
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150170
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (12 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 73I,
. . . . . . . . 77G,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . 123I [H9N2],
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218V mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/07/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI485754
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150035
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 50I,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 145R,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289L,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn337A (GCt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn353G (GGg),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn516I (ATc))

. . . . Mississippi08_C1_59M_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Mississippi/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI485751
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150034
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn195Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . PuertoRico18_C2_48F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/18/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486392
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150166
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn178V (GTa) mix wt,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn487Y (TAc),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Missouri06_M1C1_60F_2013_09_27 (
. . . . . . . . A/Missouri/06/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI485757
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150036
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn160S (TCt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 173E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn358N (AAc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewJersey09_C1_52M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/New Jersey/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 48K
. . . . . . . . GISAID HA EPI485760
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150037
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (10 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . 48K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 171E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewHampshire04_E3_27F_2013_09_17_VxX (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . GISAID HA EPI485763
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150038
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (11 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225G mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewHampshire04_C1_27F_2013_09_17 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . GISAID HA EPI484962
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149775
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (10 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Wyoming04_C1_46M_2013_09_14_VxX (
. . . . . . . . A/Wyoming/04/2013                                               
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 227G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID HA EPI484977
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149779
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (12 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #7I,
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 172R,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 227G mix wt [Ukraine5794_C2M1_18F_2013_02_20],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [FranceLorraine1176_50x_2011_02_23_TmX],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Utah20_C22_10M_2009_07_25_VxX],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . syn375I (ATa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn485G (GGa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . SouthCarolina02_X1C1_14M_2013_09_11 (
. . . . . . . . A/South Carolina/02/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486383
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150163
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (10 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn2N (AAc),
. . . . . . . . 77G,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn134G (GGg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn255R (AGg) mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324I mix wt,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn402H (CAt) mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . India3743_C1C2_16F_2013_09_07 (
. . . . . . . . A/India/3743/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486386
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150164
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . #1T,
. . . . . . . . syn44L (CTg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn334G (GGa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 446R,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn518A (GCa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewMexico12_M1C1_60M_2013_09_06 (
. . . . . . . . A/New Mexico/12/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . GISAID HA EPI482159
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149345
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (9 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn14N (AAc),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 187N mix wt [HongKong9232_C5C1_49F_2012_12_18
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI439312
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_138683],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Texas26_M1C1_3M_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Texas/26/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI482179
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149353
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn232Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn507K (AAa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Wisconsin13_E3_25F_2013_09_05_VxX (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . GISAID HA EPI482171
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149350
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn111V (GTt),
. . . . . . . . 130E mix wt [H5N1 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsided wild type],
. . . . . . . . 166E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . 225G mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn285P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn324V (GTt) mix wt,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Wisconsin13_C1_25F_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484725
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148737
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (8 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn111V (GTt),
. . . . . . . . 166E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn285P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Louisiana06_C1_25M_2013_09_03 (
. . . . . . . . A/Louisiana/06/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID HA EPI482181
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149354
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . #7I,
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn82I (ATa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn485G (GGa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NorthCarolina10_E3_53F_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/10/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI482173
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149351
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn3A (GCt) mix wt,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/09/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI477423
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148733
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . 364S mix wt,
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Georgia04_M2C1_xM_2013_08_08 (
. . . . . . . . A/Georgia/04/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484965
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149776
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (10 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn231N (AAt) mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 437N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . CostaRica5802_E3_xM_2013_08_05 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI484980
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149780
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (10 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . CostaRica5802_C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 157E
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI484959
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149774
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (11 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Brazil8500_C1C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/8500/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I, 158E
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID HA EPI484720
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148738
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 155I,
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 158E,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 219R mix wt,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn382V (GTg),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Bangladesh3003_C2C1_18F_2013_08_04 (
. . . . . . . . A/Bangladesh/3003/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI485766
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150039
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (10 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . 437N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Peru7878_C2_50F_2013_07_23 (
. . . . . . . . A/Peru/7878/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484724
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148734
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 51S,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 406G,
. . . . . . . . syn440Y (TAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Ecuador1373_C2_55M_2013_07_19_VxX (
. . . . . . . . A/Ecuador/1373/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID HA EPI484723
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148735
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn58C (TGc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 130E mix wt [H5N1 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsided wild type],
. . . . . . . . 144T,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218V mix wt,
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . 237L,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Kenya128_X1C2_3x_2013_07_08 (
. . . . . . . . A/Kenya/128/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID HA EPI484954
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149772
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (9 Amino and 17 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn40H (CAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn366A (GCt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn404E (GAg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . 442N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . ElSalvador1396_C1C1_5M_2013_07_05 (
. . . . . . . . A/El Salvador/1396/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484974
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149778
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn343G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 476D,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484969
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149777
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 87I,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D [pH1N1 Rare: 47 Cases over 51 Sequences (map)],
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (tTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . 528I [H7N7 wild type],
. . . . . . . . . [H7N9 LookAsideu],
. . . . . . . . . [avH1N1])

. . . . Brazil5921_C1_55F_2013_06_27_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/5921/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I
. . . . . . . . GISAID HA EPI477419
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148731
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn103E (GAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 155I,
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 458T,
. . . . . . . . syn488D (GAt),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Peru7096_C2_13x_2013_06_25 (
. . . . . . . . A/Peru/7096/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Off-Clade HA 188P and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI484719
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148730
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 102V mix wt,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188P,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 210N mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn323N (AAc),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn507K (AAa))

. . . . Paraguay91_C1C1_2M_2013_06_24_TmX (
. . . . . . . . A/Paraguay/91/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID HA EPI485771
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150041
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (8 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn22V (GTg),
. . . . . . . . syn49G (GGa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Alaska07_M1C1_63F_2013_06_23 (
. . . . . . . . A/Alaska/07/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484956
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149773
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn417G (GGa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn490P (CCg),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . CostaRica8288_C1_25M_2013_06_18 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/8288/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI482164
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149347
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn131S (TCa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7626/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . GISAID HA EPI477445
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148743
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn111V (GTa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn127P (CCa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn171D (GAc),
. . . . . . . . syn178V (GTt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 211R [H7N7],
. . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H13N2],
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn337A (GCt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn488D (GAt),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))

. . . . CostaRica7069_C1_29F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/7069/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI485768
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150040
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn151L (TTg),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 464E mix wt,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7548_C2_19M_2013_06_05 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7548/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484726
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148732
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (10 Amino and 17 Silent)
. . . . . . . . syn#6L (tTG),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn92T (ACa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn182I (ATc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn211K (AAa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn284T (ACc),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn307P (CCg),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 396M,
. . . . . . . . syn428L (CTc),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 461R,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc),
. . . . . . . . syn547Q (CAa))

. . . . CostaRica5790_C1_23M_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5790/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI482166
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149348
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 59D,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn292S (AGt),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 499D,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn504D (GAc),
. . . . . . . . syn507K (AAa))

. . . . Laos387_C1C1_22M_2013_05_13 (
. . . . . . . . A/Laos/387/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI482176
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149352
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (7 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . BurkinaFaso875_C2_2013_02_26 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/875/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID HA EPI482169
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149349
. . . . . . . . 38 Polymorphisms (11 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150198
. . . . . . . . . . . . . . . Japan NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . syn164L (CTt) [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 173R [H7N9 Avian],
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))

. . . . BurkinaFaso876_C2_2013_02_26_VxX (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/876/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 158E
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID HA EPI482162
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149346
. . . . . . . . 39 Polymorphisms (12 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 13T [H5N1, H9N2, H13],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150198
. . . . . . . . . . . . . . . Japan NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . 158E,
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn425N (AAc) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))

. . . . BurkinaFaso859_C1_2013_02_18 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/859/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID HA EPI484718
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148736
. . . . . . . . 37 Polymorphisms (10 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150198
. . . . . . . . . . . . . . . Japan NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn425N (AAc) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))

NA Polymorphisms

. . . . HongKong5640_CXC1_49M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5640/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486394
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150167
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (8 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . syn41G (GGa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Arizona03_C1_40M_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Arizona/03/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486388
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150165
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (10 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 41E,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID NA EPI485786
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150043
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Maryland08_C1C1_63x_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Maryland/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486406
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150171
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Washington09_C1_32F_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Washington/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486378
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150162
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . syn415L (tTG),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID NA EPI485778
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150042
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (12 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 263V mix wt [pH1N1 HA 230I],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Utah09_C1_39M_2013_10_06 (
. . . . . . . . A/Utah/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . GISAID NA EPI486400
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150169
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (9 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn114V (GTa),
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn267V (GTa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn431P (CCa),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Alabama08_C1_5F_2013_10_05 (
. . . . . . . . A/Alabama/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486397
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150168
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Minnesota08_M2C1_xM_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/Minnesota/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486403
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150170
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (9 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn63N (AAc),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . syn422F (TTt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/07/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI485753
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150035
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 19I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn70S (AGt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn429G (GGa))

. . . . Mississippi08_C1_59M_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Mississippi/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI485750
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150034
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . PuertoRico18_C2_48F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/18/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486391
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150166
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Missouri06_M1C1_60F_2013_09_27 (
. . . . . . . . A/Missouri/06/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI485756
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150036
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn322F (TTt),
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . NewJersey09_C1_52M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/New Jersey/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI485759
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150037
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (12 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 443V [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 466I [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsideu wild type])

. . . . NewHampshire04_E3_27F_2013_09_17_VxX (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . GISAID NA EPI485762
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150038
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (12 Amino and 4 Silent)                          
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . 126S,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . NewHampshire04_C1_27F_2013_09_17 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484961
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149775
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 126S,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Wyoming04_C1_46M_2013_09_14_VxX (
. . . . . . . . A/Wyoming/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 227G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI484976
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149779
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 211M [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . [avH1N1],
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381S [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . syn426L (CTg),
. . . . . . . . 432E)

. . . . SouthCarolina02_X1C1_14M_2013_09_11 (
. . . . . . . . A/South Carolina/02/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486382
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150163
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . India3743_C1C2_16F_2013_09_07 (
. . . . . . . . A/India/3743/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486385
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150164
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (9 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn116V (GTt),
. . . . . . . . 147R,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn262K (AAa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . NewMexico12_M1C1_60M_2013_09_06 (
. . . . . . . . A/New Mexico/12/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . GISAID NA EPI482158
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149345
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (10 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn393I (ATt),
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)

. . . . Texas26_M1C1_3M_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Texas/26/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI482178
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149353
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn143K (AAg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Wisconsin13_E3_25F_2013_09_05_VxX (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . GISAID NA EPI482170
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149350
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn54I (ATc),
. . . . . . . . 56S mix wt,
. . . . . . . . syn79S (TCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn229S (TCa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn329N (AAc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . Wisconsin13_C1_25F_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477429
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148737
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn54I (ATc),
. . . . . . . . syn79S (TCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn229S (TCa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn329N (AAc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . Louisiana06_C1_25M_2013_09_03 (
. . . . . . . . A/Louisiana/06/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI482180
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149354
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 4T,
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 203M,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 334N [avH1N1farm],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . NorthCarolina10_E3_53F_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/10/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI482172
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149351
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477422
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148733
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Georgia04_M2C1_xM_2013_08_08 (
. . . . . . . . A/Georgia/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484964
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149776
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 390E mix wt [pH1N1 Novel],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Shanghai tiger],
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . CostaRica5802_E3_xM_2013_08_05 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI484979
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149780
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))

. . . . CostaRica5802_C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 157E
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI484958
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149774
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))

. . . . Brazil8500_C1C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/8500/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I, 158E
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI477431
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148738
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn185H (CAc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 366R [avH1N1farm],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Bangladesh3003_C2C1_18F_2013_08_04 (
. . . . . . . . A/Bangladesh/3003/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI485765
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150039
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (8 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Peru7878_C2_50F_2013_07_23 (
. . . . . . . . A/Peru/7878/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477425
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148734
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (TTa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Ecuador1373_C2_55M_2013_07_19_VxX (
. . . . . . . . A/Ecuador/1373/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI477426
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148735
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 45K,
. . . . . . . . 77E,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn266S (TCg),
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn415L (tTG))

. . . . Kenya128_X1C2_3x_2013_07_08 (
. . . . . . . . A/Kenya/128/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI484953
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149772
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 307K mix wt,
. . . . . . . . 308H,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn432K (AAg))

. . . . ElSalvador1396_C1C1_5M_2013_07_05 (
. . . . . . . . A/El Salvador/1396/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484973
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149778
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)

. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484968
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149777
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . Brazil5921_C1_55F_2013_06_27_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/5921/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I
. . . . . . . . GISAID NA EPI477418
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148731
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (8 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn267V (GTa),
. . . . . . . . syn295N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Peru7096_C2_13x_2013_06_25 (
. . . . . . . . A/Peru/7096/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Off-Clade HA 188P and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI477416
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148730
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 19I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn414G (GGa))

. . . . Paraguay91_C1C1_2M_2013_06_24_TmX (
. . . . . . . . A/Paraguay/91/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID NA EPI485770
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150041
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Alaska07_M1C1_63F_2013_06_23 (
. . . . . . . . A/Alaska/07/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484955
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149773
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (9 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V [H5N1],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn395G (GGg),
. . . . . . . . 432E)

. . . . CostaRica8288_C1_25M_2013_06_18 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/8288/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI484963
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149347
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))

. . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7626/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . GISAID NA EPI477444
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148743
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (8 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381A [pH1N1 Rare],
. . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn425E (GAg),
. . . . . . . . syn426L (tTA),
. . . . . . . . syn439S (AGt),
. . . . . . . . syn443I (ATt))

. . . . CostaRica7069_C1_29F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/7069/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI485767
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150040
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 142N,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 265R,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))

. . . . DominicanRep7548_C2_19M_2013_06_05 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7548/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477421
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148732
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 48A,
. . . . . . . . syn101S (AGc),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 199N [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 220K,
. . . . . . . . syn221N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn248D (GAc),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . CostaRica5790_C1_23M_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5790/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484981
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149348
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn30I (ATa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn58N (AAt),
. . . . . . . . syn70S (AGt),
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . syn184C (TGc) mix wt,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 313H,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . Laos387_C1C1_22M_2013_05_13 (
. . . . . . . . A/Laos/387/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI482175
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149352
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn93P (CCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn153S (AGt),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 395E [pH1N1 Upsilon])

. . . . BurkinaFaso875_C2_2013_02_26 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/875/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID NA EPI482168
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149349
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))

. . . . BurkinaFaso876_C2_2013_02_26_VxX (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/876/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 158E
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID NA EPI482161
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149346
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn140L (tTA),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))

. . . . BurkinaFaso859_C1_2013_02_18 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/859/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . GISAID NA EPI477427
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148736
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn47E (GAg),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))

PB2 Polymorphisms

. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI485784
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150043
. . . . . . . . 31 Polymorphisms (9 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M [H5N1 Fatality],
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . 524N [pH1N1 ReEmergent 2013],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Rare:
. . . . . . . . . . . . . . . . 6 Cases over 7 Sequences before 2013
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G Count 04],
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI485776
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150042
. . . . . . . . 32 Polymorphisms (10 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 156V [pH1N1 Rare],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 TamiFlu Resistant:
. . . . . . . . . . . . . Colorado11_C2_6M_2010_12_29
. . . . . . . . . . . . . . . . GISAID NA EPI309836
. . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_88067],
. . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M [H5N1 Fatality],
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . 560M [pH1N1 ReEmergent 2013],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Rare:
. . . . . . . . . . . . . . . . 5 Cases over 5 Sequences
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with TamiFlu Resistance Count 01],

. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

PB1 Polymorphisms

. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI485785
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150043
. . . . . . . . 28 Polymorphisms (4 Amino and 24 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn550L (TTa),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI485777
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150042
. . . . . . . . 28 Polymorphisms (4 Amino and 24 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn550L (TTa),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

PA Polymorphisms

. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PA EPI485783
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150043
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (6 Amino and 18 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID PA EPI485775
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150042
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (6 Amino and 19 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn207I (ATc) mix wt,
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

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pH1N1 Influenza PolymeraseBasic2, PolymeraseBasic1, PolymeraseAcidic, Hemagglutinin & Neuraminidase Segments
elucidated at 2013-11-20-01_51_10_493570 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2014.


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