Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.
Publish Date : 2014-01-07
Last Update : 2014-02-01
46 Cases over 49 Sequences
In the 32 days covering 2013-10-17 to 2013-11-19, the
United States CDC released a total of 49
pH1N1 sequences at
GISAID on 46 human cases
sampled from February 2013 to October 2013. Geographic surveillance includes
America, Africa, Asia, Brazil, Ecuador, Paraguay and
Peru.
The sequences in this Analytic Report describe a high level of genetic activity at the
Hemagglutinin antigenic area between
aa155 and
aa158 with
5 amino variations and
4 silent revisions.
HA 225G is present in
quasi-species on
2 American samples and as dominant form in
2 tropical countries. The
Dominican Republic HA 225G Low Reactor Correlate appears on a
TamiFlu Resistant strain.
Drug Resistance is also found in
2 US sequences and
1 South American case.
Transport of
High-CFR pH1N1 Upsilon polymorphisms remains at high effect on the
Hemagglutinin with homology to
34 of the
219 distinct
HA polymorphisms in this
CDC deposit.
HA Polymorphisms
. . . . HongKong5640_CXC1_49M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5640/2013
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn66G (GGg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Arizona03_C1_40M_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Arizona/03/2013
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn158G (GGg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn417G (GGc),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Maryland08_C1C1_63x_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Maryland/08/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Washington09_C1_32F_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Washington/09/2013
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn391T (ACg),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn72S (TCg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Utah09_C1_39M_2013_10_06 (
. . . . . . . . A/Utah/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn0T (ACt),
. . . . . . . . syn17D (GAt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn92T (ACa),
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn123T (ACg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286D,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Alabama08_C1_5F_2013_10_05 (
. . . . . . . . A/Alabama/08/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Minnesota08_M2C1_xM_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/Minnesota/08/2013
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (12 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 73I,
. . . . . . . . 77G,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . 123I [H9N2],
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218V mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/07/2013
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 50I,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 145R,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289L,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn337A (GCt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn353G (GGg),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn516I (ATc))
. . . . Mississippi08_C1_59M_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Mississippi/08/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn195Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . PuertoRico18_C2_48F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/18/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn178V (GTa) mix wt,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn487Y (TAc),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Missouri06_M1C1_60F_2013_09_27 (
. . . . . . . . A/Missouri/06/2013
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn160S (TCt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 173E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn358N (AAc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NewJersey09_C1_52M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/New Jersey/09/2013
. . . . . . . .
H7N9 Correlation HA 48K
. . . . . . . . GISAID HA
EPI485760
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (10 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . 48K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 171E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NewHampshire04_E3_27F_2013_09_17_VxX (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (11 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225G mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NewHampshire04_C1_27F_2013_09_17 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (10 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Wyoming04_C1_46M_2013_09_14_VxX (
. . . . . . . . A/Wyoming/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 227G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (12 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #7I,
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . 172R,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . .
227G mix wt [Ukraine
5794_C2M1_18F_2013_02_20],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [
FranceLorraine1176_50x_2011_02_23
_TmX],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Utah20_
C22_10M_2009_07_25
_VxX],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . syn375I (ATa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn485G (GGa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SouthCarolina02_X1C1_14M_2013_09_11 (
. . . . . . . . A/South Carolina/02/2013
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (10 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn2N (AAc),
. . . . . . . . 77G,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn134G (GGg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn255R (AGg) mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324I mix wt,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn402H (CAt) mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . India3743_C1C2_16F_2013_09_07 (
. . . . . . . . A/India/3743/2013
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . #1T,
. . . . . . . . syn44L (CTg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn334G (GGa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 446R,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn518A (GCa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NewMexico12_M1C1_60M_2013_09_06 (
. . . . . . . . A/New Mexico/12/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (9 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn14N (AAc),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 187N mix wt [HongKong9232_C5C1_49F_2012_12_18
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI439312
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_138683],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Texas26_M1C1_3M_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Texas/26/2013
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn232Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn507K (AAa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Wisconsin13_E3_25F_2013_09_05_VxX (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn111V (GTt),
. . . . . . . . 130E mix wt [H5N1 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsided
wild type],
. . . . . . . . 166E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . 225G mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn285P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn324V (GTt) mix wt,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Wisconsin13_C1_25F_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (8 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn111V (GTt),
. . . . . . . . 166E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn285P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Louisiana06_C1_25M_2013_09_03 (
. . . . . . . . A/Louisiana/06/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . #7I,
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn82I (ATa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn485G (GGa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NorthCarolina10_E3_53F_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/10/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn3A (GCt) mix wt,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/09/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . 364S mix wt,
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Georgia04_M2C1_xM_2013_08_08 (
. . . . . . . . A/Georgia/04/2013
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (10 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn231N (AAt) mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 314N,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 437N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . CostaRica5802_E3_xM_2013_08_05 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (10 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . CostaRica5802_C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 157E
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (11 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Brazil8500_C1C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/8500/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I, 158E
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 155I,
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 158E,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 219R mix wt,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn382V (GTg),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Bangladesh3003_C2C1_18F_2013_08_04 (
. . . . . . . . A/Bangladesh/3003/2013
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (10 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . 437N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Peru7878_C2_50F_2013_07_23 (
. . . . . . . . A/Peru/7878/2013
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 51S,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 406G,
. . . . . . . . syn440Y (TAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Ecuador1373_C2_55M_2013_07_19_VxX (
. . . . . . . . A/Ecuador/1373/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn58C (TGc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 130E mix wt [H5N1 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsided
wild type],
. . . . . . . . 144T,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218V mix wt,
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . 237L,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Kenya128_X1C2_3x_2013_07_08 (
. . . . . . . . A/Kenya/128/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (9 Amino and 17 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn40H (CAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn366A (GCt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn404E (GAg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . 442N mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . ElSalvador1396_C1C1_5M_2013_07_05 (
. . . . . . . . A/El Salvador/1396/2013
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn343G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 476D,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 87I,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . .
142D [
pH1N1 Rare:
47
Cases over
51 Sequences (
map)],
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (tTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . 528I [H7N7 wild type],
. . . . . . . . . [H7N9 LookAsideu],
. . . . . . . . . [avH1N1])
. . . . Brazil5921_C1_55F_2013_06_27_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/5921/2013
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn103E (GAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 155I,
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 458T,
. . . . . . . . syn488D (GAt),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Peru7096_C2_13x_2013_06_25 (
. . . . . . . . A/Peru/7096/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Off-Clade HA
188P and 208K
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 102V mix wt,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188P,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 210N mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn323N (AAc),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn507K (AAa))
. . . . Paraguay91_C1C1_2M_2013_06_24_TmX (
. . . . . . . . A/Paraguay/91/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (8 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn22V (GTg),
. . . . . . . . syn49G (GGa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Alaska07_M1C1_63F_2013_06_23 (
. . . . . . . . A/Alaska/07/2013
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (8 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn417G (GGa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn490P (CCg),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . CostaRica8288_C1_25M_2013_06_18 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/8288/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn131S (TCa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
(
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7626/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (11 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn111V (GTa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn127P (CCa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn171D (GAc),
. . . . . . . . syn178V (GTt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 211R [H7N7],
. . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H13N2],
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn337A (GCt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn488D (GAt),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . CostaRica7069_C1_29F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/7069/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn151L (TTg),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn401N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 464E mix wt,
. . . . . . . . 502K)
. . . . DominicanRep7548_C2_19M_2013_06_05 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7548/2013
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (10 Amino and 17 Silent)
. . . . . . . . syn#6L (tTG),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn92T (ACa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn182I (ATc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn211K (AAa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn284T (ACc),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn307P (CCg),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 396M,
. . . . . . . . syn428L (CTc),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 461R,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc),
. . . . . . . . syn547Q (CAa))
. . . . CostaRica5790_C1_23M_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5790/2013
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 59D,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn292S (AGt),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 499D,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn504D (GAc),
. . . . . . . . syn507K (AAa))
. . . . Laos387_C1C1_22M_2013_05_13 (
. . . . . . . . A/Laos/387/2013
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (7 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . BurkinaFaso875_C2_2013_02_26 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/875/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 38 Polymorphisms (11 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . Japan
NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . syn164L (CTt) [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 173R [H7N9 Avian],
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United
States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))
. . . . BurkinaFaso876_C2_2013_02_26_VxX (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/876/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 158E
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 39 Polymorphisms (12 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 13T [H5N1, H9N2, H13],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . Japan
NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . 158E,
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United
States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn425N (AAc) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))
. . . . BurkinaFaso859_C1_2013_02_18 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/859/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 37 Polymorphisms (10 Amino and 27 Silent)
. . . . . . . . #11T [avH1N1, zH3N2, H9N2],
. . . . . . . . 35I [avH1N1, zH3N2, H5N1],
. . . . . . . . syn56G (GGc) [Emergent H7N9 Avian],
. . . . . . . . 89E [avH1N1farm, zH3N2, 1918],
. . . . . . . . syn99I (ATt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 131T [Emergent H7N9
. . . . . . . . . . . . . . . Investigational Vaccine Candidate:
. . . . . . . . . . . . . . . ChinaAnhuiChuzhouCity1_LLC1E3_35F_2013_03_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . A/Anhui/1/2013 NIIDRG-10.1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI486492
. . . . . . . . . . . . . . . Japan
NIID Lab-Derived,
. . . . . . . . . . . . . . . Initial Passage in Lewis Lung Carcinoma culture],
. . . . . . . . . . . [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 2008],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Human 2007, 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Swine 2011, 2012, 2013],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Variant Mink 2012],
. . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn152I (ATt),
. . . . . . . . syn154L (CTg),
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn215P (CCa),
. . . . . . . . syn219I (ATt),
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn254P (CCa),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 266A [H7N9 Avian United
States:
. . . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor 266V gTC, gTT],
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn331G (GGt) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . syn337A (GCt) [H7N9 Avian United States],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI485754
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_150035
. . . . . . . . . . . . . . . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID HA
EPI477445
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID Isolate
EPI_ISL_148743],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn425N (AAc) [H7N9 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . syn433E (GAg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn451K (AAa),
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 463V [H6N1],
. . . . . . . . syn475D (GAc),
. . . . . . . . syn486T (ACc) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . syn505G (GGa),
. . . . . . . . 523A,
. . . . . . . . syn526S (TCc),
. . . . . . . . syn527L (TTa))
NA Polymorphisms
. . . . HongKong5640_CXC1_49M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5640/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (8 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . syn41G (GGa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Arizona03_C1_40M_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Arizona/03/2013
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (10 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 41E,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Maryland08_C1C1_63x_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Maryland/08/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Washington09_C1_32F_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Washington/09/2013
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . syn415L (tTG),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (12 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 263V mix wt [pH1N1 HA 230I],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Utah09_C1_39M_2013_10_06 (
. . . . . . . . A/Utah/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (9 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn114V (GTa),
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn267V (GTa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn431P (CCa),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Alabama08_C1_5F_2013_10_05 (
. . . . . . . . A/Alabama/08/2013
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Minnesota08_M2C1_xM_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/Minnesota/08/2013
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (9 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn63N (AAc),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . syn422F (TTt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Pennsylvania07_C1_1F_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/07/2013
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 19I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn70S (AGt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn429G (GGa))
. . . . Mississippi08_C1_59M_2013_10_02 (
. . . . . . . . A/Mississippi/08/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . PuertoRico18_C2_48F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/18/2013
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Missouri06_M1C1_60F_2013_09_27 (
. . . . . . . . A/Missouri/06/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn322F (TTt),
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . NewJersey09_C1_52M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/New Jersey/09/2013
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (12 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 443V [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 466I [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsideu wild type])
. . . . NewHampshire04_E3_27F_2013_09_17_VxX (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (12 Amino
and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . 126S,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . NewHampshire04_C1_27F_2013_09_17 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/04/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 126S,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Wyoming04_C1_46M_2013_09_14_VxX (
. . . . . . . . A/Wyoming/04/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 227G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 211M [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . [avH1N1],
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381S [H5N1],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . syn426L (CTg),
. . . . . . . . 432E)
. . . . SouthCarolina02_X1C1_14M_2013_09_11 (
. . . . . . . . A/South Carolina/02/2013
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . India3743_C1C2_16F_2013_09_07 (
. . . . . . . . A/India/3743/2013
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (9 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn116V (GTt),
. . . . . . . . 147R,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn262K (AAa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . NewMexico12_M1C1_60M_2013_09_06 (
. . . . . . . . A/New Mexico/12/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (10 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn393I (ATt),
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)
. . . . Texas26_M1C1_3M_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Texas/26/2013
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn143K (AAg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Wisconsin13_E3_25F_2013_09_05_VxX (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn54I (ATc),
. . . . . . . . 56S mix wt,
. . . . . . . . syn79S (TCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn229S (TCa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn329N (AAc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Wisconsin13_C1_25F_2013_09_05 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/13/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn54I (ATc),
. . . . . . . . syn79S (TCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn229S (TCa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn329N (AAc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Louisiana06_C1_25M_2013_09_03 (
. . . . . . . . A/Louisiana/06/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 4T,
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 203M,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 334N [avH1N1farm],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . NorthCarolina10_E3_53F_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/10/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27 (
. . . . . . . . A/North Carolina/09/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Georgia04_M2C1_xM_2013_08_08 (
. . . . . . . . A/Georgia/04/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 390E mix wt [pH1N1 Novel],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Shanghai tiger],
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . CostaRica5802_E3_xM_2013_08_05 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))
. . . . CostaRica5802_C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5802/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 157E
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))
. . . . Brazil8500_C1C2_xM_2013_08_05_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/8500/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 155I, 158E
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn185H (CAc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 366R [avH1N1farm],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Bangladesh3003_C2C1_18F_2013_08_04 (
. . . . . . . . A/Bangladesh/3003/2013
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (8 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Peru7878_C2_50F_2013_07_23 (
. . . . . . . . A/Peru/7878/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (TTa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Ecuador1373_C2_55M_2013_07_19_VxX (
. . . . . . . . A/Ecuador/1373/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 45K,
. . . . . . . . 77E,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn266S (TCg),
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn415L (tTG))
. . . . Kenya128_X1C2_3x_2013_07_08 (
. . . . . . . . A/Kenya/128/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 307K mix wt,
. . . . . . . . 308H,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn432K (AAg))
. . . . ElSalvador1396_C1C1_5M_2013_07_05 (
. . . . . . . . A/El Salvador/1396/2013
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K [pH1N1 ReEmergent (2010)],
. . . . . . . . 432E)
. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Brazil5921_C1_55F_2013_06_27_VxX (
. . . . . . . . A/Brazil/5921/2013
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (8 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn267V (GTa),
. . . . . . . . syn295N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Peru7096_C2_13x_2013_06_25 (
. . . . . . . . A/Peru/7096/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Off-Clade HA
188P and 208K
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 19I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn414G (GGa))
. . . . Paraguay91_C1C1_2M_2013_06_24_TmX (
. . . . . . . . A/Paraguay/91/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)
. . . . Alaska07_M1C1_63F_2013_06_23 (
. . . . . . . . A/Alaska/07/2013
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (9 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V [H5N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V [H5N1],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn395G (GGg),
. . . . . . . . 432E)
. . . . CostaRica8288_C1_25M_2013_06_18 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/8288/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (4 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))
. . . . DominicanRep7626_C2_34F_2013_06_15_TmX_VxX
(
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7626/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225G
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (8 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381A [pH1N1 Rare],
. . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn425E (GAg),
. . . . . . . . syn426L (tTA),
. . . . . . . . syn439S (AGt),
. . . . . . . . syn443I (ATt))
. . . . CostaRica7069_C1_29F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/7069/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 142N,
. . . . . . . . syn155Y (TAc),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 265R,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn431P (CCt))
. . . . DominicanRep7548_C2_19M_2013_06_05 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7548/2013
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 48A,
. . . . . . . . syn101S (AGc),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 199N [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 220K,
. . . . . . . . syn221N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn248D (GAc),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . CostaRica5790_C1_23M_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Costa Rica/5790/2013
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn30I (ATa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn58N (AAt),
. . . . . . . . syn70S (AGt),
. . . . . . . . 82P [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . syn184C (TGc) mix wt,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 313H,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Laos387_C1C1_22M_2013_05_13 (
. . . . . . . . A/Laos/387/2013
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn93P (CCg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn153S (AGt),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 395E [pH1N1 Upsilon])
. . . . BurkinaFaso875_C2_2013_02_26 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/875/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))
. . . . BurkinaFaso876_C2_2013_02_26_VxX (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/876/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 158E
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn140L (tTA),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))
. . . . BurkinaFaso859_C1_2013_02_18 (
. . . . . . . . A/Burkina Faso/859/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 131T
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 386K
. . . . . . . . Off-Clade
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . 13I,
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn47E (GAg),
. . . . . . . . 74V,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn127L (cTG),
. . . . . . . . syn183A (GCc),
. . . . . . . . syn192T (ACc),
. . . . . . . . syn304V (GTt),
. . . . . . . . syn370G (GGg),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 385T,
. . . . . . . . 386K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn433E (GAa))
PB2 Polymorphisms
. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 31 Polymorphisms (9 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M [H5N1 Fatality],
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . 524N [pH1N1 ReEmergent 2013],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Rare:
. . . . . . . . . . . . . . . . 6
Cases over 7 Sequences before 2013
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G Count 04],
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)
. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 32 Polymorphisms (10 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 156V [pH1N1 Rare],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 TamiFlu Resistant:
. . . . . . . . . . . . . Colorado11_C2_6M_2010_12_29
. . . . . . . . . . . . . . . . GISAID NA
EPI309836
. . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M [H5N1 Fatality],
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . 560M [pH1N1 ReEmergent 2013],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Rare:
. . . . . . . . . . . . . . . . 5
Cases over 5 Sequences
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with TamiFlu Resistance Count 01],
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)
PB1 Polymorphisms
. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 28 Polymorphisms (4 Amino and 24 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn550L (TTa),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))
. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 28 Polymorphisms (4 Amino and 24 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn550L (TTa),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))
PA Polymorphisms
. . . . Louisiana08_C1_56F_2013_10_09_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/08/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (6 Amino and 18 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))
. . . . Louisiana07_C1_25F_2013_10_07_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/07/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (6 Amino and 19 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn207I (ATc) mix wt,
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))
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pH1N1 Influenza PolymeraseBasic2, PolymeraseBasic1, PolymeraseAcidic, Hemagglutinin & Neuraminidase Segments
elucidated at 2013-11-20-01_51_10_493570 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2014.
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