2014-01-30

pH1N1 HA 225N Severe in Female: Spain Winter s2013

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.

Publish Date : 2014-01-30
Last Update : 2014-03-25

HA 225N Severe in Female: Spain Winter s2013
Geographic Distribution
28 Cases over 28 Sequences

On 2014-01-29, the Instituto de Salud Carlos III of Spain rapidly released 28 pH1N1 HA fragments at GISAID with a submission date of 2014-01-29 on 28 contemporary human cases sampled across December 2013 to January 2014.

We applaud the men and women of this Institute for their devotion to science, for their detailed clinical annotations and their complete age and gender features. Hospitalisation is evident in 22 of the cases and in 7 of the 8 pediatric patients.

HA 225N, an immune deranging polymorphism found on the High-CFR Upsilon subclade, is seen in a 27 year old female in late December [EPI501453].  Two sequences from Madrid in January 2014 demonstrate HA 31N, a polymorphism found only once in the pH1N1 reservoir (2009 Asia), but found as the wild type on Emergent H7N9 and wild type on the most recently circulating Seasonal H3N2.

CrossSeroType Analytic
H7N9 Correlation HA
NameID
 SpainMadrid45_62M_2014_01_05_s EPI501451 
 SpainMadrid83_62M_2014_01_09_s EPI501458 

HA Polymorphisms

. . . . SpainMadrid120_33M_2014_01_14_s (
. . . . . . . . A/Madrid/120/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501447
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154263
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#5,
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 2T [H7N7]
. . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn310V (GTg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid127_38F_2014_01_13_s (
. . . . . . . . A/Madrid/127/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501450
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154266
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#9,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 129Y [H5N1],
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid126_58F_2014_01_13_s (
. . . . . . . . A/Madrid/126/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501448
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154264
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa6,
. . . . . . . . syn50V (GTg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn279N (AAc),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn306C (TGc),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha119_29M_2014_01_13 (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/119/2014
. . . . . . . . GISAID HA EPI501446
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154262
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#6,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn232Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid113_55M_2014_01_13_s (
. . . . . . . . A/Madrid/113/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501443
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154259
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa8,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn295F (TTc),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid107_43M_2014_01_13_s (
. . . . . . . . A/Madrid/107/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501442
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154258
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (6 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn83V (GTt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainAragon272_M_78M_2014_01_11_s (
. . . . . . . . A/Aragon/272/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501459
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154275
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa6,
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainAragon269_M_35F_2014_01_10_s (
. . . . . . . . A/Aragon/269/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501462
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154278
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (5 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#4,
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid74_4F_2014_01_10_s (
. . . . . . . . A/Madrid/74/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Child Female 4 Years
. . . . . . . . GISAID HA EPI501457
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154273
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa0,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha146_1F_2014_01_09_s (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/146/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 1 Year
. . . . . . . . GISAID HA EPI501461
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154277
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#2,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid83_62M_2014_01_09_s (
. . . . . . . . A/Madrid/83/2014
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 31N
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501458
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154274
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#1,
. . . . . . . . 31N [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Singular: Japan 2009],
. . . . . . . . . . . [Seasonal H3N2 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid69_38F_2014_01_09_s (
. . . . . . . . A/Madrid/69/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501456
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154272
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (6 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#6,
. . . . . . . . syn#1A (GCg),
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainAragon268_M_67M_2014_01_09_s (
. . . . . . . . A/Aragon/268/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501449
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154265
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#5,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn232Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn262R (AGg),
. . . . . . . . HA Truncated after aa275)

. . . . SpainCastillaLaMancha106_49F_2014_01_09 (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/106/2014
. . . . . . . . GISAID HA EPI501445
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154261
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#9,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 132D [H6N1],
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha104_14F_2014_01_09 (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/104/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Child Female 14 Years
. . . . . . . . GISAID HA EPI501444
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154260
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (6 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#9,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid60_62F_2014_01_08_s (
. . . . . . . . A/Madrid/60/2014
. . . . . . . . Hospitalised & Recovered
. . . . . . . . GISAID HA EPI501455
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154271
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#8,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadrid45_62M_2014_01_05_s (
. . . . . . . . A/Madrid/45/2014
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 31N
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501451
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154267
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa3,
. . . . . . . . 31N [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 Singular: Japan 2009],
. . . . . . . . . . . [Seasonal H3N2 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadridSO11443_1F_2014_01_04_s (
. . . . . . . . A/Madrid/SO11443/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 1 Year
. . . . . . . . GISAID HA EPI501465
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154281
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (6 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha57_60M_2014_01_03_s (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/57/2014
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Novel Hemagglutinin
. . . . . . . . GISAID HA EPI501454
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154270
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (7 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . 71K [pH1N1 Rare: 2 Cases over 2 Sequences,
. . . . . . . . . . . . . . . . . Singapore 2011-January,
. . . . . . . . . . . . . . . . . Cyprus 2009-June],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainPaisVasco86_M_51F_2014_01_03 (
. . . . . . . . A/PaisVasco/86/2014
. . . . . . . . GISAID HA EPI501441
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154257
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainPaisVasco85_M_62F_2014_01_03 (
. . . . . . . . A/PaisVasco/85/2014
. . . . . . . . GISAID HA EPI501440
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154256
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa0,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha14046_24M_2013_12_29_s (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/14046/2013
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501452
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154268
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa5,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadridSO11449_1mF_2013_12_28_s (
. . . . . . . . A/Madrid/SO11449/2013
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 1 Month
. . . . . . . . GISAID HA EPI501464
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154280
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . 2T [H7N7]
. . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainCastillaLaMancha14056_27F_2013_12_27_VxX_s (
. . . . . . . . A/CastillaLaMancha/14056/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape GenoType HA 225N
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . GISAID HA EPI501453
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154269
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#3,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225N [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . HA Truncated after aa329)

. . . . SpainAragon14276_M_50F_2013_12_26 (
. . . . . . . . A/Aragon/14276/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI501460
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154276
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (6 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#2,
. . . . . . . . 41D [pH1N1 with NA 247N TamiFlu Resistance],
. . . . . . . . . . . [pH1N1 with HA 230I],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadridSO11395_6mF_2013_12_21_s (
. . . . . . . . A/Madrid/SO11395/2013
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 6 Months
. . . . . . . . GISAID HA EPI501438
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154254
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#9,
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 2T [H7N7]
. . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadridSO11352_3mF_2013_12_16_s (
. . . . . . . . A/Madrid/SO11352/2013
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 3 Months
. . . . . . . . GISAID HA EPI501439
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154255
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa6,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa346)

. . . . SpainMadridSO11366_3mF_2013_12_15_s (
. . . . . . . . A/Madrid/SO11366/2013
. . . . . . . . Hospitalised
. . . . . . . . Infant Female 3 Months
. . . . . . . . GISAID HA EPI501437
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_154253
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#2,
. . . . . . . . 2T [H7N7]
. . . . . . . . . . [zH3N2],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . HA Truncated after aa315)

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pH1N1 Influenza Hemagglutinin Segments elucidated at 2014-01-30-01_40_10_368200 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2014.

Publication Copyright 2007-2014 GeneWurx.com  · All Rights Reserved.

Posted by at

2014-01-09

pH1N1 Drug Resistance & Vaccine Escape: CDC Fall 2013

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.

Publish Date : 2014-01-09
Last Update : 2014-01-23

pH1N1 Drug Resistance & Vaccine Escape: CDC Fall 2013
Geographic Distribution
29 Cases over 32 Sequences

In the week from 2013-11-22 to 2013-11-29, the United States CDC released or updated a total of 32 pH1N1 sequences at GISAID on 29 human cases sampled from July 2013 to November 2013. Geographic surveillance includes America, India and Hong Kong. 

The sequences in this Analytic Report describe a significant level of ambiguity at the Hemagglutinin segment with 9 variations. Drug Resistance is found in 2 US sequences, Louisiana and Utah.

HA Polymorphisms

. . . . Montana04_C1_46M_2013_11_06 (
. . . . . . . . A/Montana/04/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489355
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151038
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (9 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 368Q,
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Nebraska08_C1_38F_2013_11_05 (
. . . . . . . . A/Nebraska/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489325
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151028
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (10 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn135V (GTg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 144E,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn268I (ATc),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn530V (GTg) mix wt,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Indiana23_C1_7F_2013_11_04 (
. . . . . . . . A/Indiana/23/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489322
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151027
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (9 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn406R (AGg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Utah10_C1_14F_2013_10_29_TmX (
. . . . . . . . A/Utah/10/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID HA EPI487732
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150613
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (8 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn326S (TCc),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Connecticut03_C1_3M_2013_10_28 (
. . . . . . . . A/Connecticut/03/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489337
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151032
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (10 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 252A mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Colorado04_C1_19M_2013_10_25 (
. . . . . . . . A/Colorado/04/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486613
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150290
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn58C (TGc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 163R,
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn456L (cTA),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Kentucky07_MXC1_4M_2013_10_24 (
. . . . . . . . A/Kentucky/07/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486619
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150292
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (9 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn33V (GTc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn195Y (TAc),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 275A,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . California25_C1_11M_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/California/25/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489358
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151039
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (8 Amino and 19 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn158G (GGg),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn417G (GGc),
. . . . . . . . syn429L (cTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn456L (TTg),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Louisiana11_C1_27F_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/Louisiana/11/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486644
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150297
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NorthDakota03_M1C1_58F_2013_10_22 (
. . . . . . . . A/North Dakota/03/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI487738
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150615
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (8 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Mississippi10_C1_29M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Mississippi/10/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489352
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151037
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (8 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn528V (GTg),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Arkansas16_C1_27F_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Arkansas/16/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489343
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151034
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (11 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . 3T mix wt,
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 477M,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc),
. . . . . . . . syn547Q (CAa))

. . . . Mississippi10_E3_29M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Mississippi/10/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489340
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151033
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (9 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn528V (GTg),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Louisiana10_C1_25F_2013_10_21_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/10/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID HA EPI486652
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150298
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Wisconsin15_M1C1_46M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/15/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486622
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150293
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (9 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . 22I,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Florida41_C1_6F_2013_10_16 (
. . . . . . . . A/Florida/41/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486604
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150287
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (11 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn268I (ATc),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 385I,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 452A,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Illinois04_MXC1_47x_2013_10_15 (
. . . . . . . . A/Illinois/04/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 48K
. . . . . . . . GISAID HA EPI486616
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150291
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (9 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . syn18T (ACc),
. . . . . . . . 48K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NorthDakota04_M1C1_40M_2013_10_15 (
. . . . . . . . A/North Dakota/04/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486601
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150286
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (8 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn167S (TCa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Alaska08_M1C1_8F_2013_10_14 (
. . . . . . . . A/Alaska/08/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489349
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151036
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn507K (AAa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Mississippi09_C1_10M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Mississippi/09/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489346
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151035
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Mississippi09_E3_10M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Mississippi/09/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489328
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151029
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (9 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Georgia05_M1C1_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Georgia/05/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 48K
. . . . . . . . GISAID HA EPI486610
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150289
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (9 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 48K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . SouthCarolina04_X1C1_43F_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/South Carolina/04/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486607
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150288
. . . . . . . . 21 Polymorphisms (9 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn2N (AAc),
. . . . . . . . 77G,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn134G (GGg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn470F (TTc),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Louisiana12_C1_13F_2013_10_09 (
. . . . . . . . A/Louisiana/12/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486636
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150296
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Florida43_C1_42M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Florida/43/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489334
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151031
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Florida43_E3_42M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Florida/43/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI489331
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151030
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 130E mix wt,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 194I mix wt,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn460A (GCa),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . SouthDakota02_M1C1_1M_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/South Dakota/02/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI487741
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150616
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 275A,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Florida42_C1_1x_2013_09_26 (
. . . . . . . . A/Florida/42/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486598
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150285
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (8 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn184H (CAc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Florida40_C2_36F_2013_09_22 (
. . . . . . . . A/Florida/40/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI487735
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150614
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (8 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . SouthCarolina03_X1C2_11F_2013_09_21_VxX (
. . . . . . . . A/South Carolina/03/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape: GenoType HA 158E
. . . . . . . . ComplexCodon HA 159K & 159Q
. . . . . . . . GISAID HA EPI487724
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150612
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (12 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 159K mix [ComplexCodon mAa],
. . . . . . . . 159Q mix [ComplexCodon mAa],
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 275A,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn363G (GGg) mix wt,
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (CTa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . HongKong5008_CXC1_3F_2013_09_19 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5008/2013
. . . . . . . . ComplexCodon HA 286D
. . . . . . . . GISAID HA EPI486628
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150295
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn17D (GAt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn92T (ACa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn123T (ACg),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 144V,
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286D [ComplexCodon gAt],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn320G (GGg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . India1968_E1E2_50F_2013_07_26 (
. . . . . . . . A/India/1968/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI486625
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150294
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . #1T,
. . . . . . . . syn44L (CTg),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn518A (GCa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

NA Polymorphisms

. . . . Montana04_C1_46M_2013_11_06 (
. . . . . . . . A/Montana/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489354
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151038
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Nebraska08_C1_38F_2013_11_05 (
. . . . . . . . A/Nebraska/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489324
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151028
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn337P (CCg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Indiana23_C1_7F_2013_11_04 (
. . . . . . . . A/Indiana/23/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489321
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151027
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Utah10_C1_14F_2013_10_29_TmX (
. . . . . . . . A/Utah/10/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID NA EPI487731
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150613
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (12 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Connecticut03_C1_3M_2013_10_28 (
. . . . . . . . A/Connecticut/03/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489336
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151032
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 272T,
. . . . . . . . syn302P (CCa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 466I)

. . . . Colorado04_C1_19M_2013_10_25 (
. . . . . . . . A/Colorado/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486612
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150290
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn352K (AAg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Kentucky07_MXC1_4M_2013_10_24 (
. . . . . . . . A/Kentucky/07/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486618
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150292
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . California25_C1_11M_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/California/25/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489357
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151039
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (9 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 40I,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn220R (AGg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn383T (ACt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . Louisiana11_C1_27F_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/Louisiana/11/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486643
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150297
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn315G (GGg),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381N,
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . NorthDakota03_M1C1_58F_2013_10_22 (
. . . . . . . . A/North Dakota/03/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI487737
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150615
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (10 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 247G,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Mississippi10_C1_29M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Mississippi/10/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489351
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151037
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V [H5N1],
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn439S (AGt))

. . . . Arkansas16_C1_27F_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Arkansas/16/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489342
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151034
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (11 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)

. . . . Mississippi10_E3_29M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Mississippi/10/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489339
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151033
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V [H5N1],
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn439S (AGt))

. . . . Louisiana10_C1_25F_2013_10_21_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/10/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant
. . . . . . . . GISAID NA EPI486651
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150298
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (11 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Wisconsin15_M1C1_46M_2013_10_21 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/15/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486621
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150293
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (10 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V [H5N1],
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 286G,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn439S (AGt))

. . . . Florida41_C1_6F_2013_10_16 (
. . . . . . . . A/Florida/41/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486603
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150287
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Illinois04_MXC1_47x_2013_10_15 (
. . . . . . . . A/Illinois/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486615
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150291
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (13 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 67I,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 443V,
. . . . . . . . 466I)

. . . . NorthDakota04_M1C1_40M_2013_10_15 (
. . . . . . . . A/North Dakota/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486600
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150286
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (10 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 424I,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Alaska08_M1C1_8F_2013_10_14 (
. . . . . . . . A/Alaska/08/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489348
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151036
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn143K (AAg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . syn453V (GTa))

. . . . Mississippi09_C1_10M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Mississippi/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489345
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151035
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Mississippi09_E3_10M_2013_10_12 (
. . . . . . . . A/Mississippi/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489327
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151029
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (10 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn331K (AAa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Georgia05_M1C1_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/Georgia/05/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 48K
. . . . . . . . GISAID NA EPI486609
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150289
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (13 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 67I,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 443V,
. . . . . . . . 466I)

. . . . SouthCarolina04_X1C1_43F_2013_10_10 (
. . . . . . . . A/South Carolina/04/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486606
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150288
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Louisiana12_C1_13F_2013_10_09 (
. . . . . . . . A/Louisiana/12/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486635
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150296
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn315G (GGg),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 381N,
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Florida43_C1_42M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Florida/43/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489333
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151031
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 149V,
. . . . . . . . syn173R (AGg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Florida43_E3_42M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/Florida/43/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI489330
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_151030
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (9 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn173R (AGg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . SouthDakota02_M1C1_1M_2013_10_03 (
. . . . . . . . A/South Dakota/02/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI487740
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150616
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn182S (AGc),
. . . . . . . . 199N,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 305T,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 451G)

. . . . Florida42_C1_1x_2013_09_26 (
. . . . . . . . A/Florida/42/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486597
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150285
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (12 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 45H,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 434K)

. . . . Florida40_C2_36F_2013_09_22 (
. . . . . . . . A/Florida/40/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI487734
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150614
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (12 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 99V [H5N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 199N,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 211V,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . SouthCarolina03_X1C2_11F_2013_09_21_VxX (
. . . . . . . . A/South Carolina/03/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape: GenoType HA 158E
. . . . . . . . ComplexCodon HA 159K & 159Q
. . . . . . . . GISAID NA EPI487723
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150612
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (11 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn182S (AGc),
. . . . . . . . 199N,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 305T,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 451G)

. . . . HongKong5008_CXC1_3F_2013_09_19 (
. . . . . . . . A/Hong Kong/5008/2013
. . . . . . . . ComplexCodon HA 286D
. . . . . . . . GISAID NA EPI486627
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150295
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (10 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn115F (TTc),
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn295N (AAt),
. . . . . . . . 309H,
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn421C (TGt),
. . . . . . . . 432E)

. . . . India1968_E1E2_50F_2013_07_26 (
. . . . . . . . A/India/1968/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI486624
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150294
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (8 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn262K (AAa),
. . . . . . . . 321V [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 432E)

PB2 Polymorphisms

. . . . Utah10_C1_14F_2013_10_29_TmX (
. . . . . . . . A/Utah/10/2013
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI487729
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150613
. . . . . . . . 30 Polymorphisms (8 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S,
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M,
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

. . . . Louisiana11_C1_27F_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/Louisiana/11/2013
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI486641
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150297
. . . . . . . . 30 Polymorphisms (8 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S,
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M,
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

. . . . Louisiana10_C1_25F_2013_10_21_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/10/2013
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI486649
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150298
. . . . . . . . 31 Polymorphisms (9 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S,
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M,
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . 524N,
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

. . . . Louisiana12_C1_13F_2013_10_09 (
. . . . . . . . A/Louisiana/12/2013
. . . . . . . . GISAID PB2 EPI486633
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150296
. . . . . . . . 30 Polymorphisms (8 Amino and 22 Silent)
. . . . . . . . 54K,
. . . . . . . . 66I,
. . . . . . . . syn107S (AGc),
. . . . . . . . 155S,
. . . . . . . . 195N,
. . . . . . . . syn219P (CCg),
. . . . . . . . syn222G (GGt),
. . . . . . . . syn223G (GGg),
. . . . . . . . syn258S (AGc),
. . . . . . . . syn291G (GGt),
. . . . . . . . syn292V (GTg),
. . . . . . . . 293K,
. . . . . . . . syn319I (ATc),
. . . . . . . . 344M,
. . . . . . . . syn348N (AAt),
. . . . . . . . 354L,
. . . . . . . . syn383Q (CAa),
. . . . . . . . syn384L (TTa),
. . . . . . . . syn396E (GAa),
. . . . . . . . syn427R (aGA),
. . . . . . . . syn430P (CCt),
. . . . . . . . syn440K (AAg),
. . . . . . . . syn482K (AAg),
. . . . . . . . syn502L (TTg),
. . . . . . . . syn555R (AGa),
. . . . . . . . syn573N (AAt),
. . . . . . . . syn634S (TCt),
. . . . . . . . syn697L (TTa),
. . . . . . . . syn728Q (CAg),
. . . . . . . . 731I)

PB1 Polymorphisms

. . . . Utah10_C1_14F_2013_10_29_TmX (
. . . . . . . . A/Utah/10/2013
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI487730
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150613
. . . . . . . . 29 Polymorphisms (4 Amino and 25 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn235K (AAa),
. . . . . . . . syn282L (tTa),
. . . . . . . . syn292N (AAc),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

. . . . Louisiana11_C1_27F_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/Louisiana/11/2013
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI486642
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150297
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (4 Amino and 23 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

. . . . Louisiana10_C1_25F_2013_10_21_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/10/2013
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI486650
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150298
. . . . . . . . 29 Polymorphisms (5 Amino and 24 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . 363R,
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn550L (TTa),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

. . . . Louisiana12_C1_13F_2013_10_09 (
. . . . . . . . A/Louisiana/12/2013
. . . . . . . . GISAID PB1 EPI486634
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150296
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (4 Amino and 23 Silent)
. . . . . . . . syn14A (GCa),
. . . . . . . . syn53G (GGg),
. . . . . . . . syn56T (ACa),
. . . . . . . . syn105N (AAt),
. . . . . . . . 113I,
. . . . . . . . syn122L (CTg),
. . . . . . . . 154D,
. . . . . . . . syn158N (AAc),
. . . . . . . . syn201T (ACt),
. . . . . . . . syn210Q (CAg),
. . . . . . . . syn282L (tTG),
. . . . . . . . syn295D (GAt),
. . . . . . . . syn333F (TTt),
. . . . . . . . syn346N (AAt),
. . . . . . . . syn377D (GAt),
. . . . . . . . syn396L (tTA),
. . . . . . . . 397M,
. . . . . . . . 435T,
. . . . . . . . syn457E (GAa),
. . . . . . . . syn539L (CTc),
. . . . . . . . syn573S (TCa),
. . . . . . . . syn579L (CTa),
. . . . . . . . syn600N (AAc),
. . . . . . . . syn632V (GTg),
. . . . . . . . syn635K (AAg),
. . . . . . . . syn692C (TGt),
. . . . . . . . syn730F (TTt))

PA Polymorphisms

. . . . Utah10_C1_14F_2013_10_29_TmX (
. . . . . . . . A/Utah/10/2013
. . . . . . . . GISAID PA EPI487728
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150613
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (6 Amino and 19 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn123T (ACg),
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

. . . . Louisiana11_C1_27F_2013_10_23 (
. . . . . . . . A/Louisiana/11/2013
. . . . . . . . GISAID PA EPI486640
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150297
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (6 Amino and 20 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn418T (ACc),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn556Q (CAg),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

. . . . Louisiana10_C1_25F_2013_10_21_TmX (
. . . . . . . . A/Louisiana/10/2013
. . . . . . . . GISAID PA EPI486648
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150298
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (7 Amino and 18 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 336T,
. . . . . . . . 361G,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

. . . . Louisiana12_C1_13F_2013_10_09 (
. . . . . . . . A/Louisiana/12/2013
. . . . . . . . GISAID PA EPI486632
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_150296
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (6 Amino and 18 Silent)
. . . . . . . . syn33N (AAt),
. . . . . . . . syn68P (CCa),
. . . . . . . . 100I,
. . . . . . . . syn168R (AGa),
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn229F (TTc),
. . . . . . . . 266H,
. . . . . . . . syn270L (TTa),
. . . . . . . . syn273G (GGa),
. . . . . . . . syn291S (AGc),
. . . . . . . . syn300E (GAa),
. . . . . . . . 321K,
. . . . . . . . 330V,
. . . . . . . . 361R,
. . . . . . . . 362K,
. . . . . . . . syn417L (TTa),
. . . . . . . . syn517V (GTa),
. . . . . . . . syn529D (GAt),
. . . . . . . . syn530P (CCa),
. . . . . . . . syn534P (CCa),
. . . . . . . . syn549L (CTa),
. . . . . . . . syn555G (GGt),
. . . . . . . . syn597E (GAa),
. . . . . . . . syn662S (TCa))

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pH1N1 Influenza PolymeraseBasic2, PolymeraseBasic1, PolymeraseAcidic, Hemagglutinin & Neuraminidase Segments
elucidated at 2013-12-14-02_20_42_563260 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2014.

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