Publish Date : 2013-11-09
Last Update : 2013-12-17
Gain of Function Empiriks
by
Polymorphism
pH1N1 HA 142D
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48 Cases over 52 Sequences
Key Severity Indicators | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Human Variant Observations | ||||||||
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Notable pH1N1 Samples | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Cross SeroType Analytics | |||||||||||||||||
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Isolate Metrics | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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HA Polymorphisms
. . . . BrazilSaoPauloJaboticabal630177_1M_2013_09_30_s (
. . . . . . . . A/Sao Paulo/6-30177/2013
. . . . . . . . Treatment by Oseltamivir
. . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . GISAID HA EPI484748
. . . . . . . . Treatment by Oseltamivir
. . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . GISAID HA EPI484748
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149732
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (12 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . #1T,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 115K [pH1N1 with HA 230I],
. . . . . . . . . . . . [H7N7 Equine: Host Transition],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn141H (CAc) [H5N1],
. . . . . . . . 142D [pH1N1 Rare: 46 Cases over 50 Sequences,
. . . . . . . . . . . . . JapanNagasakiHA105_M_13F_2010_01_12
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 190G],
. . . . . . . . . . . . . [Propensity to Children:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 52% - Age 17 or Under],
. . . . . . . . . . . . . [Propensity to Children:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 52% - Age 17 or Under],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location pH1N1υ Polymorphisms (15)],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location pH1N1
VxX indicators
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . HA
158E mix, 159D mix],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location pH1N1
HA 166Q],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location pH1N1
RBS 225G (2), 226R, 233H],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location early pH1N1
HA 237I],
. . . . . . . . . . . . . [Co-location pH1N1
Isolated from Blood (Serum)],
. . . . . . . . . . . . . [Studied with pH1N1
Severe and Fatal cases],
. . . . . . . . . . . . . [Wisconsin28_55M_2011_12_01
. . . . . . . . . . . . . . . . swine-like human H1N1 variant case
. . . . . . . . . . . . . . . . . . with pH1N1 PA & M gene segments],
. . . . . . . . . . . . . [H5N1 2nd Base Donor 142Q (CAG)],
. . . . . . . . . . . . . [H5N1 2nd Base Donor 142Q (CAG)],
. . . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . . . . [H13
LookAsideu],
. . . . . . . . . . . . . [zH3N2 LookAsided2],
. . . . . . . . . . . . . [zH6N1 LookAsided2],
. . . . . . . . syn156K (AAg),
. . . . . . . . 166Q [avH1N1
. . . . . . . . . . . . . . . with HA #1T, syn34N (AAt), syn77S (AGt),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn102E (GAa), syn156K (AAg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn258F (TTt), syn285P (CCt), syn306C (TGc),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324I, syn333F (TTc), syn372Q (CAa), syn396V (GTg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn465N (AAt)],
. . . . . . . . . . . . .[Virginia13_M1C1_46F_2012_08_21
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 188T, syn223V (GTa),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G (GGc), 377K, 454N],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn102E (GAa), syn156K (AAg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn258F (TTt), syn285P (CCt), syn306C (TGc),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324I, syn333F (TTc), syn372Q (CAa), syn396V (GTg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn465N (AAt)],
. . . . . . . . . . . . .[Virginia13_M1C1_46F_2012_08_21
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 188T, syn223V (GTa),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G (GGc), 377K, 454N],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn236L (tTA),
. . . . . . . . 259T [pH1N1 Upsilon US Military],
. . . . . . . . syn285P (CCt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn306C (TGc),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324I [pH1N1 with HA 230I],
. . . . . . . . . . . . [Wilson-Smith],
. . . . . . . . . . . . [1918],
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . [H7N7 Passerine, Anser & Galliformes],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . . . [WSN, WSZ],
. . . . . . . . syn537S (AGc) [pH1N1 with HA 230I]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918])
. . . . Bolivia1351_C2_46M_2013_07_31_VxX (
. . . . . . . . A/Bolivia/1351/2013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145666
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225Y,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454K,
. . . . . . . . 502K)
. . . . ChileSantiago46965_C2C1_28M_2013_07_15 (
. . . . . . . . A/Santiago/46965/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI467229
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145635
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (9 Amino and 17 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn190D (GAt),
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn455Q (CAa),
. . . . . . . . 502K)
. . . . Florida20_C1_47M_2013_07_07 (
. . . . . . . . A/Florida/20/2013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145023
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 475N mix wt [pH1N1 Rare ~ 40 Sequences],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [sH1N1 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [sH3N2 2013],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2 Hong Kong Passerine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Guangxi Commercial Poultry 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H13],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [sH1N1 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [sH3N2 2013],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [zH3N2 Hong Kong Passerine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Guangxi Commercial Poultry 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H13],
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . ArgentinaMarDelPlata10091_C1C1_xM_2013_07_04 (
. . . . . . . . A/Mar Del Plata/10091/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI467370
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145660
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Argentina911_C1C1_60F_2013_07_02 (
. . . . . . . . A/Argentina/911/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465495
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145105
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (9 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn120F (TTt),
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI484969
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149777
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 87I,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn419L (tTG) [avH1N1farm],
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . 528I [H7N7 wild type],
. . . . . . . . . . . [H7N9 LookAsideu],
. . . . . . . . . . . [avH1N1])
. . . . Uruguay279_C1_xM_2013_06_21 (
. . . . . . . . A/Uruguay/279/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI467206
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145630
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (12 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #10M mix wt [H5N1],
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . 57N [Argentina508_S1C1_62M_2013_06_16],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H10N7],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H10N7],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 269F [Argentina508_S1C1_62M_2013_06_16],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . [H13],
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Argentina508_S1C1_62M_2013_06_16 (
. . . . . . . . A/Argentina/508/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465257
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145024
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (12 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . 57N [Uruguay279_C1_xM_2013_06_21],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H10N7],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H10N7],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn129H (CAc),
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 264D [pH1N1 Rare: 26 Cases over 28 Sequences,
. . . . . . . . . . . . . . . ReEmergent Singular 2013,
. . . . . . . . . . . . . . . Last in China 2010-01-04,
. . . . . . . . . . . . . . . HA 225E Count 03,
. . . . . . . . . . . . . . . US Military Count 11:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . First pH1N1 HA 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . HA 225N],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . ReEmergent Singular 2013,
. . . . . . . . . . . . . . . Last in China 2010-01-04,
. . . . . . . . . . . . . . . HA 225E Count 03,
. . . . . . . . . . . . . . . US Military Count 11:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . First pH1N1 HA 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . HA 225N],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . 269F [Uruguay279_C1_xM_2013_06_21],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . [H13],
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . PuertoRico01_C2_13F_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI468085
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145509
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (9 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . PuertoRico03_E3_7M_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/03/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465459
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145090
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . PuertoRico01_E3_13F_2013_06_14_VxX (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145088
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . PuertoRico05_C2_45M_2013_06_14_VxX (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/05/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape Genotype HA 159D
. . . . . . . . Emergent H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI465269
. . . . . . . . Emergent H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI465269
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145028
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 130E [H5N1 wild type],
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 159D mix wt [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . PuertoRico03_C1_7M_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/03/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465102
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144967
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 437N mix wt [pH1N1 Rare: 21 Cases over 22 Sequences,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Fatality Russia 2009:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Fatality Russia 2009:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . RussiaArkhangelsk_CRIEGNY_2009_11_25_xL_f,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TamiFlu Resistance Taiwan 2011,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Probable Youth Marker],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TamiFlu Resistance Taiwan 2011,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Probable Youth Marker],
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . PuertoRico01_C1_13F_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465070
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144956
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (10 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn352Y (TAt),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 440H mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn548C (TGc))
. . . . Argentina168_S1C1_xM_2013_06_04_VxX (
. . . . . . . . A/Argentina/168/2013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145087
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324A mix wt,
. . . . . . . . syn326S (TCc) mix wt,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Argentina102_C1C1_56F_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Argentina/102/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI465711
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145086
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (10 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn136T (ACa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 166I,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . syn185P (CCg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn236L (CTg),
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn239P (CCa),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324A,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)
. . . . Hungary17_M1E5M1_xF_2013_02_15_VxX (
. . . . . . . . A/Hungary/17/2013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144056
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (10 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . syn47L (tTA),
. . . . . . . . syn58C (TGc),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 193R,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn527L (TTa))
. . . . Luxembourg20130134_2013_01_22 (
. . . . . . . . A/Luxembourg/20130134/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI457408
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142843
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn#5L (CTg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . #2L [neH7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Rare: Sea Mammal & Anser],
. . . . . . . . . . . [H7N3 Pheasant],
. . . . . . . . . . . [H7N3 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H7N2 Ratite],
. . . . . . . . . . . [H7N1 Ratite],
. . . . . . . . . . . [H7N7 Rare: Sea Mammal & Anser],
. . . . . . . . . . . [H7N3 Pheasant],
. . . . . . . . . . . [H7N3 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H7N2 Ratite],
. . . . . . . . . . . [H7N1 Ratite],
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn228G (GGa),
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg) mix wt,
. . . . . . . . syn420D (GAt) mix wt,
. . . . . . . . 435D mix wt, [pH1N1 Rare: 1 Case,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Singapore 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Singapore 2010],
. . . . . . . . syn448L (TTg) mix wt,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt) mix wt,
. . . . . . . . 502K mix wt,
. . . . . . . . syn515Q (CAa) mix wt,
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa528)
. . . . Tanzania2085_E3_30F_2012_12_10 (
. . . . . . . . A/Tanzania/2085/2012
. . . . . . . . Clade2:188T with Diverse Hemagglutinin
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_135825
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (12 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn#5L (CTg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . syn22V (GTg),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 172R,
. . . . . . . . 175K,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 189D,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn301I (ATa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn515Q (CAa),
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . India2005_E3_2012_11_24 (
. . . . . . . . A/India/2005/2012
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI422601
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_135815
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (10 Amino and 13 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn#5L (CTg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn66G (GGg),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 194I,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 430I [H7N9 2011]
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn515Q (CAa),
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . BelgiumG860_M1_xF_2012_11_08 (
. . . . . . . . A/Belgium/G860/2012
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI417116
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_134396
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (8 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn#5L (CTg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn44L (CTg),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn228G (GGa),
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn252V (GTa),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn420D (GAt),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn515Q (CAa),
. . . . . . . . syn524A (GCt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . IndiaLKO2577_2012_09_22 (
. . . . . . . . A/India/LKO2577/2012
. . . . . . . . GISAID HA EPI441661
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_139281
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa132,
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa269)
. . . . Virginia13_M1C1_46F_2012_08_21 (
. . . . . . . . A/Virginia/13/2012
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . Distant to Relative:
. . . . . . . . . . ~ India2005_E3_2012_11_24
. . . . . . . . . . [EPI422601]
. . . . . . . . H7N9 Correlation
. . . . . . . . Distant to Relative:
. . . . . . . . . . ~ India2005_E3_2012_11_24
. . . . . . . . . . [EPI422601]
. . . . . . . . . . 09 Nucleotides
. . . . . . . . GISAID HA EPI404817
. . . . . . . . GISAID HA EPI404817
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_131789
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (11 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn#5L (CTg) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Human Fatality],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H7N7 Passerine],
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 87G,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 132D,
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 166Q [avH1N1
. . . . . . . . . . . . . . . with HA #1T, syn34N (AAt), syn77S (AGt),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn102E (GAa), syn156K (AAg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn258F (TTt), syn285P (CCt), syn306C (TGc),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324I, syn333F (TTc), syn372Q (CAa), syn396V (GTg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn465N (AAt)],
. . . . . . . . . . . . .[BrazilSaoPauloJaboticabal630177_1M_2013_09_30_s
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 188T, syn223V (GTa),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G (GGc), 377K, 454N],
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn102E (GAa), syn156K (AAg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn258F (TTt), syn285P (CCt), syn306C (TGc),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324I, syn333F (TTc), syn372Q (CAa), syn396V (GTg),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn465N (AAt)],
. . . . . . . . . . . . .[BrazilSaoPauloJaboticabal630177_1M_2013_09_30_s
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 188T, syn223V (GTa),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G (GGc), 377K, 454N],
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn223V (GTa),
. . . . . . . . syn238E (GAa),
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 381T mix wt [H7N7],
. . . . . . . . syn403L (tTG),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn515Q (CAa),
. . . . . . . . syn524A (GCt) [H5N1],
. . . . . . . . syn530V (GTg) [H6N1],
. . . . . . . . syn538F (TTt) [H5N1])
. . . . SouthAfricaJohannesburg150_M1M1_46F_2011_07_10 (
. . . . . . . . A/Johannesburg/150/2011
. . . . . . . . Clade5:208K_219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI346655
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_99903
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (8 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn131S (TCa),
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . 359A,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn512R (AGa))
. . . . AustraliaBrisbane139_M4_59M_2011_04_07_VxX (
. . . . . . . . A/BRISBANE/139/2011
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_95091
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn316R (AGg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn417G (GGg),
. . . . . . . . syn439D (GAt),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa548)
. . . . JapanSaitama289_M2+1_2011_04_02_VxX (
. . . . . . . . A/SAITAMA/289/2011
. . . . . . . . Vaccine Escape Genotype HA 159D
. . . . . . . . Emergent H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI329107
. . . . . . . . Emergent H7N9 Correlation
. . . . . . . . GISAID HA EPI329107
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_94426
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (8 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . #6M [H9N2 Human],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Pheasant, Pigeon, Quail],
. . . . . . . . . . . [H9N2 Commercial Poultry],
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 76T,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 123A,
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 159D mix wt [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn292S (AGt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . AustraliaVictoriaRythdale512_M1_46M_2011_02_04 (
. . . . . . . . A/VICTORIA/512/2011
. . . . . . . . GISAID HA EPI331324
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_94794
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn343G (GGa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn398K (AAg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . SingaporeKK376_C2_14F_2010_06_07 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK376/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385493
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124750
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn18T (ACc),
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 115K [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . . BrazilSaoPauloJaboticabal630177_1M_2013_09_30_s
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 377K, syn537S (AGc)],
. . . . . . . . . . . . . BrazilSaoPauloJaboticabal630177_1M_2013_09_30_s
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with HA 142D, 377K, syn537S (AGc)],
. . . . . . . . . . . . [H7N7 Equine: Host Transition],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeGP2864_3F_2010_06_03 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP2864/2010
. . . . . . . . Sepsis - Isolated from Blood
. . . . . . . . GISAID HA EPI385439
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124731
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (3 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeSS34_C1_75F_2010_06_03_VxX (
. . . . . . . . A/Singapore/SS34/2010
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124723
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn339F (TTt),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeGP2301_17F_2010_05_17 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP2301/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385347
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124700
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn62G (GGa),
. . . . . . . . syn64I (ATt),
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeGP1684_11M_2010_04_28 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP1684/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385211
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124656
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 0A,
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeTT150_C2_2010_04_26_VxX (
. . . . . . . . A/Singapore/TT150/2010
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124641
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 225G,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn482V (GTt),
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeGP1212_C1_19F_2010_04_12 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP1212/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385256
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124669
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn155V (GTc),
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeKK111_C1_11M_2010_03_31 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK111/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385125
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124627
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn160S (TCc),
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeKK98_C1_4F_2010_03_08 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK98/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385142
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124632
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (3 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . SingaporeKK90_C1_5M_2010_03_02 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK90/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI385157
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124637
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (3 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn107Q (CAg),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . 233H,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . JapanNagasakiHA1010_M_13F_2010_01_18 (
. . . . . . . . A/Nagasaki/HA-10-10/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI249892
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_71896
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn94Y (TAt),
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn193S (AGc),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . 307S [H9N2],
. . . . . . . . syn471Y (TAt))
. . . . ChinaGuangxiLonganSWL1921_C1_15M_2010_01_14 (
. . . . . . . . A/Guangxi-Longan/SWL1921/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI258140
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_75063
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 142D,
. . . . . . . . syn175E (GAg),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn541C (TGt))
. . . . JapanNagasakiHA105_M_13F_2010_01_12 (
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. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
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. . . . . . . . 232T,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
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. . . . ChileSantiago46965_C2C1_28M_2013_07_15 (
. . . . . . . . A/Santiago/46965/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI467228
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145635
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
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. . . . . . . . 200S,
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
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. . . . . . . . 241I,
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. . . . . . . . 369K,
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. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 44S,
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. . . . . . . . 200S,
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
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. . . . . . . . 241I,
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. . . . . . . . 369K,
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. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145660
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
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. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
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. . . . . . . . 241I,
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. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
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. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145105
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
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. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
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. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Paraguay17_C1C1_55F_2013_07_01 (
. . . . . . . . A/Paraguay/17/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI484968
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149777
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
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. . . . . . . . 200S,
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Uruguay279_C1_xM_2013_06_21 (
. . . . . . . . A/Uruguay/279/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI467205
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145630
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Argentina508_S1C1_62M_2013_06_16 (
. . . . . . . . A/Argentina/508/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465256
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145024
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico01_C2_13F_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI466914
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145509
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico03_E3_7M_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/03/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465458
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145090
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico01_E3_13F_2013_06_14_VxX (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465454
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145088
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico05_C2_45M_2013_06_14_VxX (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/05/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465268
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145028
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn171N (AAt),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico03_C1_7M_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/03/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465101
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144967
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . PuertoRico01_C1_13F_2013_06_14 (
. . . . . . . . A/Puerto Rico/01/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465069
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144956
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 151N mix wt,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Argentina168_S1C1_xM_2013_06_04_VxX (
. . . . . . . . A/Argentina/168/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465452
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145087
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Argentina102_C1C1_56F_2013_05_30 (
. . . . . . . . A/Argentina/102/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI465450
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145086
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn52S (AGt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn213T (ACg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Hungary17_M1E5M1_xF_2013_02_15_VxX (
. . . . . . . . A/Hungary/17/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI462038
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_144056
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (8 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 11S [Emergent H7N9 Amino wild type 11S TCA],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn70S (AGt),
. . . . . . . . 93S mix wt [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 126S,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Luxembourg20130134_2013_01_22 (
. . . . . . . . A/Luxembourg/20130134/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI457407
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142843
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (8 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 13I [Emergent H7N9 wild type
. . . . . . . . . . . . . . First Base Donor ACc, ACT, Atg],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . First Base Donor ACc, ACT, Atg],
. . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACa),
. . . . . . . . 191I [Emergent H7N9 wild type
. . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor ATG],
. . . . . . . . . . . . . . . First Base Donor ATG],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn274Y (TAc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Tanzania2085_E3_30F_2012_12_10 (
. . . . . . . . A/Tanzania/2085/2012
. . . . . . . . GISAID NA EPI422629
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_135825
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn67V (GTc),
. . . . . . . . syn96G (GGg),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . syn325N (AAc),
. . . . . . . . 354S,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . India2005_E3_2012_11_24 (
. . . . . . . . A/India/2005/2012
. . . . . . . . GISAID NA EPI422600
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_135815
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (7 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn16T (ACg),
. . . . . . . . 42D,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 454D)
. . . . BelgiumG860_M1_xF_2012_11_08 (
. . . . . . . . A/Belgium/G860/2012
. . . . . . . . GISAID NA EPI417117
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_134396
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn145S (TCt),
. . . . . . . . 163V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . Virginia13_M1C1_46F_2012_08_21 (
. . . . . . . . A/Virginia/13/2012
. . . . . . . . GISAID NA EPI404816
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_131789
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn307N (AAt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn466T (ACt))
. . . . SouthAfricaJohannesburg150_M1M1_46F_2011_07_10 (
. . . . . . . . A/Johannesburg/150/2011
. . . . . . . . GISAID NA EPI346656
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_99903
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (2 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn79S (TCg),
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn229S (TCc),
. . . . . . . . syn236G (GGc),
. . . . . . . . 269I mix wt [SingaporeKK376_C2_14F_2010_06_07],
. . . . . . . . 299A,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn405S (AGc))
. . . . AustraliaBrisbane139_M4_59M_2011_04_07_VxX (
. . . . . . . . A/BRISBANE/139/2011
. . . . . . . . GISAID NA EPI332675
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_95091
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn4N (AAt),
. . . . . . . . syn5Q (CAg),
. . . . . . . . syn32I (ATt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 145F,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . NA Truncated after aa465)
. . . . JapanSaitama289_M2+1_2011_04_02_VxX (
. . . . . . . . A/SAITAMA/289/2011
. . . . . . . . GISAID NA EPI334515
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_94426
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn14C (TGc),
. . . . . . . . syn41G (GGa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn281C (TGc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . AustraliaVictoriaRythdale512_M1_46M_2011_02_04 (
. . . . . . . . A/VICTORIA/512/2011
. . . . . . . . GISAID NA EPI331323
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_94794
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn4N (AAt),
. . . . . . . . syn5Q (CAg),
. . . . . . . . 23M,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 220K,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . NA Truncated after aa465)
. . . . SingaporeKK376_C2_14F_2010_06_07 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK376/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385494
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124750
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (1 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa),
. . . . . . . . 269I [SouthAfricaJohannesburg150_M1M1_46F_2011_07_10])
. . . . SingaporeGP2864_3F_2010_06_03 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP2864/2010
. . . . . . . . Sepsis - Isolated from Blood
. . . . . . . . GISAID NA EPI385440
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124731
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . SingaporeSS34_C1_75F_2010_06_03_VxX (
. . . . . . . . A/Singapore/SS34/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385420
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124723
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . SingaporeGP2301_17F_2010_05_17 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP2301/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385348
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124700
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (0 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa),
. . . . . . . . syn430R (aGA))
. . . . SingaporeGP1684_11M_2010_04_28 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP1684/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385212
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124656
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (1 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa),
. . . . . . . . 412Q)
. . . . SingaporeTT150_C2_2010_04_26_VxX (
. . . . . . . . A/Singapore/TT150/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385174
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124641
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (0 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa),
. . . . . . . . syn295N (AAt))
. . . . SingaporeGP1212_C1_19F_2010_04_12 (
. . . . . . . . A/Singapore/GP1212/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385258
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124669
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . SingaporeKK111_C1_11M_2010_03_31 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK111/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385126
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124627
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . SingaporeKK98_C1_4F_2010_03_08 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK98/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385143
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124632
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . SingaporeKK90_C1_5M_2010_03_02 (
. . . . . . . . A/Singapore/KK90/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI385158
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_124637
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn86A (GCt),
. . . . . . . . syn207K (AAa))
. . . . ChinaGuangxiLonganSWL1921_C1_15M_2010_01_14 (
. . . . . . . . A/Guangxi-Longan/SWL1921/2010
. . . . . . . . GISAID NA EPI258139
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_75063
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn398E (GAa))
. . . . TexasHoustonJMS392_xM_2009_12_25 (
. . . . . . . . A/Texas/JMS392/2009
. . . . . . . . Potential US Military
. . . . . . . . GISAID NA EPI252940
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_73523
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (2 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . syn132F (TTt),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 366N)
. . . . Wisconsin51_C1C1_5F_2009_09_27 (
. . . . . . . . A/Wisconsin/51/2009
. . . . . . . . GISAID NA EPI217262
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_62361
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (1 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . 382E,
. . . . . . . . syn407V (GTc))
. . . . SlovakiaModra1156_2009_07_27 (
. . . . . . . . A/Modra/1156/2009
. . . . . . . . GISAID NA EPI210533
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_60278
. . . . . . . . 1 Polymorphisms (0 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . syn64Q (CAa))
pH1N1 Influenza Hemagglutinin & Neuraminidase Segments elucidated at 2013-11-08-02_14_41_307200 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2013.
Publication Copyright 2007-2013 GeneWurx.com · All Rights Reserved.
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