2014-01-07

pH1N1 US and Tropical Nations: CDC Fall 2013

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.

Publish Date : 2014-01-07
Last Update : 2014-01-09

pH1N1 US and Island Nations: CDC Fall 2013
Geographic Distribution
10 Sequences

Late today, 2014-01-07, a deposit arrived at GISAID dated 2014-01-06 by the United States CDC of 10 pH1N1 sequences sampled from mid-September to early December 2013. Geographic surveillance shows a 50 / 50 split between America and several tropical nations.

HA Polymorphisms

. . . . NewMexico16_C1_62M_2013_12_02 (
. . . . . . . . A/New Mexico/16/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497732
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152948
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (9 Amino and 16 Silent)
. . . . . . . . syn#9L (CTg),
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 485E,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn528V (GTg),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewHampshire05_C1_42F_2013_11_25 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/05/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497723
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152945
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (8 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn441H (CAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn528V (GTg),
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Pennsylvania19_C1_23F_2013_11_23 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/19/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497705
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152939
. . . . . . . . 20 Polymorphisms (9 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 368Q [avH1N1farm],
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . syn450E (GAg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Missouri07_M1C1_33M_2013_11_20 (
. . . . . . . . A/Missouri/07/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497729
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152947
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (9 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 368Q [avH1N1farm],
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . NewJersey11_C2_1M_2013_11_14 (
. . . . . . . . A/New Jersey/11/2013
. . . . . . . . Infant
. . . . . . . . GISAID HA EPI497708
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152940
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (8 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn501E (GAg),
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . StVincentAndGrenadines3292_C2C1_32M_2013_10_08 (
. . . . . . . . A/St. Vincent and Grenadines/3292/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497714
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152942
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 374T mix wt,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . StVincentAndGrenadines3291_C2C1_21M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/St. Vincent and Grenadines/3291/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497717
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152943
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 437I mix wt [H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . BVI3138_C2C1_49F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/British Virgin Islands/3138/2013
. . . . . . . . GISAID HA EPI497726
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152946
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (10 Amino and 15 Silent)
. . . . . . . . syn5T (ACt),
. . . . . . . . syn42G (GGt),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . syn165S (AGt),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn318A (GCa),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . 394K [H7N7],
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn408E (GAa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Belize3161_C2C1_10M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/Belize/3161/2013
. . . . . . . . Novel Hemagglutinin
. . . . . . . . HA Homology
. . . . . . . . . . . . ~ NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27
. . . . . . . . NA Homology
. . . . . . . . . . . . ~ Florida18_C1C1_42M_2013_06_15
. . . . . . . . GISAID HA EPI497711
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152941
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (10 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 88A [H9N2],
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn116R (AGa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn307P (CCg),
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 364H mix wt [NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . HA 364S mix wt],
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . Barbados3024_C2C1_58M_2013_09_19 (
. . . . . . . . A/Barbados/3024/2013
. . . . . . . . ComplexCodon HA 333L & syn333F (TTc)
. . . . . . . . GISAID HA EPI497720
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152944
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (9 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn12A (GCa),
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . syn141H (CAc),
. . . . . . . . 166Q,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 333L mix [H6N1],
. . . . . . . . syn333F (TTc) mix,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn383N (AAc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn447N (AAt),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

NA Polymorphisms

. . . . NewMexico16_C1_62M_2013_12_02 (
. . . . . . . . A/New Mexico/16/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497731
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152948
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (10 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V,
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 389M,
. . . . . . . . syn439S (AGt))

. . . . NewHampshire05_C1_42F_2013_11_25 (
. . . . . . . . A/New Hampshire/05/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497722
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152945
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V,
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn439S (AGt))

. . . . Pennsylvania19_C1_23F_2013_11_23 (
. . . . . . . . A/Pennsylvania/19/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497704
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152939
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Missouri07_M1C1_33M_2013_11_20 (
. . . . . . . . A/Missouri/07/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497728
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152947
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . NewJersey11_C2_1M_2013_11_14 (
. . . . . . . . A/New Jersey/11/2013
. . . . . . . . Infant
. . . . . . . . GISAID NA EPI497707
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152940
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (11 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 89F,
. . . . . . . . 99V,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn255I (ATt),
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . syn349F (TTc),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . syn412L (CTg),
. . . . . . . . 432E)

. . . . StVincentAndGrenadines3292_C2C1_32M_2013_10_08 (
. . . . . . . . A/St. Vincent and Grenadines/3292/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497713
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152942
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (12 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . 151N mix wt,
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)

. . . . StVincentAndGrenadines3291_C2C1_21M_2013_10_07 (
. . . . . . . . A/St. Vincent and Grenadines/3291/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497716
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152943
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (11 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)

. . . . BVI3138_C2C1_49F_2013_10_01 (
. . . . . . . . A/British Virgin Islands/3138/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI497725
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152946
. . . . . . . . 17 Polymorphisms (11 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn131T (ACt),
. . . . . . . . syn175E (GAa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 386K,
. . . . . . . . 432E,
. . . . . . . . 449K)

. . . . Belize3161_C2C1_10M_2013_09_23 (
. . . . . . . . A/Belize/3161/2013
. . . . . . . . Novel Hemagglutinin
. . . . . . . . HA Homology
. . . . . . . . . . . . ~ NorthCarolina09_M1C1_46M_2013_08_27
. . . . . . . . NA Homology
. . . . . . . . . . . . ~ Florida18_C1C1_42M_2013_06_15
. . . . . . . . GISAID NA EPI497710
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152941
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (10 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 34V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 151N mix wt [Florida18_C1C1_42M_2013_06_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GISAID NA EPI465096
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . NA 151E mix wt],
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 321V,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 432E)

. . . . Barbados3024_C2C1_58M_2013_09_19 (
. . . . . . . . A/Barbados/3024/2013
. . . . . . . . ComplexCodon HA 333L & syn333F (TTc)
. . . . . . . . GISAID NA EPI497719
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_152944
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (11 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 40V,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn77G (GGg),
. . . . . . . . 79P,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 108V,
. . . . . . . . 151N mix wt,
. . . . . . . . syn158L (tTA),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . 222D,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 286G,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn439S (AGt))

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pH1N1 Influenza Hemagglutinin & Neuraminidase Segments elucidated at 2014-01-07-16_59_48_024590 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2014.

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