Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.
Last Update
2011-07-23
On 2011-07-14, the lead public health agency from the United States released 14 matched pairs of HA and NA sequences at GISAID sampled between January and May of 2011 and covering a worldwide geography. Nine fall into Clade 2: 188T and five are Clade 5: 208K, 219V. Multi-clade augmentation is noted with Clade 3: 186P appearing on one Clade 5 background.
189 HA Polymorphisms across 86 codons with an average of 13.5 changes per HA.
108 NA Polymorphisms across 47 codons with an average of 7.7 changes per NA.
----
297 Total Polymorphisms with an average of 21.2 changes per matched pair (HA/NA).
Receptor Binding Site
193R: Clade 5 NewYork07_19F_2011_03_14
194I: Clade 5 Chile293_E3_8M_2011_05_13 (Egg passaged)
Sequences
SortKeys:
SequenceDate Desc,
SequenceID Asc,
SegmentID Asc
. . . . India4947_39F_2011_05_22 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325579
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn19V (GTg),
. . . . . . . . syn53L (cTG),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn103E (GAa),
. . . . . . . . 123A,
. . . . . . . . 166N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn262R (AGg),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn445V (GTa),
. . . . . . . . 454N)
. . . . India4947_39F_2011_05_22 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325578
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn230E (GAg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn346V (GTt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 394A,
. . . . . . . . syn416D (GAc),
. . . . . . . . 469N)
. . . . Chile293_C1_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325557
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 39R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn281T (ACc),
. . . . . . . . syn319T (ACg),
. . . . . . . . syn329S (TCc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))
. . . . Chile293_C1_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325556
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn60T (ACc),
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . Chile293_E3_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325567
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (7 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 39R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 194I,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn281T (ACc),
. . . . . . . . syn319T (ACg),
. . . . . . . . syn329S (TCc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))
. . . . Chile293_E3_8M_2011_05_13 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325566
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn60T (ACc),
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . Micronesia6119_13F_2011_05_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325588
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (6 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn15S (TCt),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn442D (GAc),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . Micronesia6119_13F_2011_05_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325587
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . CanadaOntarioRV1255_69F_2011_05_06 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V Crossing with Clade 3: 186P
. . . . . . . . GISAID HA EPI325560
. . . . . . . . 16 Polymorphisms (9 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . 289V,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . 359A,
. . . . . . . . syn361G (GGa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa))
. . . . CanadaOntarioRV1255_69F_2011_05_06 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325559
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (2 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 74S,
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn229S (TCc),
. . . . . . . . syn236G (GGc),
. . . . . . . . syn241V (GTg),
. . . . . . . . 299A,
. . . . . . . . syn304V (GTa))
. . . . Minnesota11_52F_2011_04_19 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325545
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (7 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 59S,
. . . . . . . . syn69E (GAa),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 132T mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 218T [Upsilon],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn477T (ACa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . Minnesota11_52F_2011_04_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325544
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn161C (TGc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K mix wt,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . ChileSantiago7774_xM_2011_04_14 (
. . . . . . . . Clade 2.Tau:
. . . . . . . . 100N, syn179L, 188T, syn338G, syn448L, 454N
. . . . . . . . GISAID HA EPI325573
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#7V (GTc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn255R (AGg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N)
. . . . ChileSantiago7774_xM_2011_04_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325572
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn298G (GGt) mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . Connecticut08_34M_2011_04_02 (
. . . . . . . . Clade 2.Tau:
. . . . . . . . 100N, syn179L, 188T, syn338G, syn448L, 454N
. . . . . . . . GISAID HA EPI325585
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (6 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . 244R,
. . . . . . . . syn301I (ATt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn431L (tTA),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N)
. . . . Connecticut08_34M_2011_04_02 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325584
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn46I (ATc),
. . . . . . . . syn82S (TCt),
. . . . . . . . syn202A (GCg),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 343S,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . NewMexico10_40M_2011_03_29 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325563
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 59S,
. . . . . . . . syn69E (GAa),
. . . . . . . . syn96G (GGg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn477T (ACa),
. . . . . . . . syn537S (AGc))
. . . . NewMexico10_40M_2011_03_29 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325562
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 153N,
. . . . . . . . syn161C (TGc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . Venezuela80_30M_2011_03_24 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325554
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn11H (CAc),
. . . . . . . . 17N,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn309Y (TAc),
. . . . . . . . syn360Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn505G (GGa))
. . . . Venezuela80_30M_2011_03_24 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325553
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 19V,
. . . . . . . . syn35S (AGt),
. . . . . . . . syn139L (cTG),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn312Y (TAc),
. . . . . . . . 364N,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . AmericanSamoa4520_52M_2011_03_18 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325551
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 262K,
. . . . . . . . 263D,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn367D (GAt),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn474C (TGt),
. . . . . . . . syn478C (TGt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . AmericanSamoa4520_52M_2011_03_18 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325550
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 41R,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn135T (ACc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . NewYork07_19F_2011_03_14 (
. . . . . . . . Clade 5: 208K219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI325548
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn36L (CTt),
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 193R mix wt,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . syn221P (CCt),
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn475D (GAc))
. . . . NewYork07_19F_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325547
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 81A,
. . . . . . . . 84R,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 416E)
. . . . Kenya6758_6F_2011_03_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325582
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 8T,
. . . . . . . . syn32S (TCc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn138A (GCt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn275V (GTt),
. . . . . . . . syn277D (GAc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 513V)
. . . . Kenya6758_6F_2011_03_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325581
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn78Q (CAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . ChinaHeilongjiang_Xiangfang191_2011_01_08 (
. . . . . . . . Clade 2: 188T
. . . . . . . . GISAID HA EPI325576
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn21T (ACc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn47L (tTA),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn465N (AAt),
. . . . . . . . syn538F (TTt))
. . . . ChinaHeilongjiang_Xiangfang191_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI325575
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn171N (AAt),
. . . . . . . . syn237S (TCc) mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . 412Q mix wt)
2011-07-20
Arizona 2011 on a Pandemic Background with an Observed 5% Case Fatality Rate
Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.
Last Update
2011-07-20
On 2011-06-21, the lead public health agency from the United States released 50 sequences at GISAID containing a subset from a heavily zoonotic sub-clade that is circulating across a worldwide geography in Americans and in individuals of at least 11 other nationalities. Eight matched pairs (HA and NA segments) from the emergent sub-clade are found in this deposit.
This Pandemic H1N1 Upsilon Sub-Clade is termed as pH1N1υ for reference brevity and encompasses the 230I-Permissive, 189T-Bearing Hydra that has emerged from January 2010 to April 2011 across 62 HA and 53 NA sequences defining a clinical subset of 58 cases, including fatalities, vaccine escape situations and TamiFlu resistance. Across the HA segments (19 Fragments), 745 polymorphisms are found (93 distinct). The NA is less volatile, but does lead other sub-clades with 251 polymorphisms spread over 68 distinct codons.
Although complete clinical outcomes are not forthcoming, the Case Fatality Rate for pH1N1υ cases remains at or above 5% for a number of reasons, including very high Zoonotic Potential scores indicating rapid acquisition of genetic material from animal reservoirs. This sub-clade displays hypermorphic behaviour, carrying an average of 12 changes per HA and 4.7 per NA. At this analysis, GeneWurx investigates the potential donor reservoirs for the late season 2011 sequence that bears the highest count of pH1N1υ HA polymorphisms, Arizona02_43F_2011_03_08. The HA polymorphism count of 19 (7 Amino and 12 Silent) and 6 for the NA (0 Amino and 6 Silent) ranks this sequence within the ultimate decile of cladded pH1N1 sequences.
Four HA revisions novel to pH1N1υ demonstrate a continued genetic re-seeding though the base of this sub-clade is founded on a significant immune escape charge. A triad of novelties (210N, syn334G, syn337A) are found individually and grouped on various animal reservoirs closely related to the change pattern for pH1N1υ, H2N2 and H6N1. The fourth novelty, 516V, appears within H2N2. The 210N and syn337A have recently appeared on pH1N1 Clade 2: 188T.
Sequences
Clade 1.Upsilon:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K
. . . . Arizona02_43F_2011_03_08 (
. . . . . . . . Zoonotic Potential: 100%
. . . . . . . . GISAID HA EPI319994
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (7 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn31H (CAt) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 with syn40H],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Europe Avian 1999-2009
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2002-2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Africa Avian 2004-2008],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian and Human wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 1988-1989
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 219K, 225G, 230I, syn397G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn82I, 87N, syn118E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 158E, 200T, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn287G, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933],
. . . . . . . . 34D [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . syn55L (TTa) [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Azerbaijan Human 2006],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Feline with syn40H, syn469E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with syn184H, 189T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian (cTa)],
. . . . . . . . syn118E (GAa) [H3N8 Equine wt, Canine wt, Swine wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2009-2010 (cAa):
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ckEgypt1055_2010_02,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . dkEgypt0972NLQP_2009_04],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4, H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn31H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn40H, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144K, 156E, 158E, 158N, 159G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200T, 218S, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 230I, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn287G, 313I, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K, 523A, 523I],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn140P (CCa) [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . 149N [H3N8 Equine, Canine, Avian, Swine (Agc)],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (Agc)
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 238K, 275I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (cgc)],
. . . . . . . . . . . . [H4 Avian],
. . . . . . . . 165N [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn334G, syn346G, 377K, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn294P, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N, syn177L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn207S, syn213F, syn221P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human with 225N, 230I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline, Mink
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225G, 230I],
. . . . . . . . . . . . [WSZ_1933],
. . . . . . . . 189T [H3N2 Human (aaa, aag, agg)]
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2009],
. . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165K, 188T, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn334G, syn346G, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn42G, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, syn404E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . with 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Europe 2009
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn42G, 72L, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159T, 186P, 188T, syn346G],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Farm
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn40H, syn42G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72L, syn80S, syn81Y, 87N
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144E, 158E, 186P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230I, 237I, syn346G, 523A],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Human, Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 200T, 208K, 225E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238D, 238K, 253A],
. . . . . . . . . . . . [1918 with 186P, 208K, 219A, 225G, 252I],
. . . . . . . . 210N mix wt [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [pH1N1 Clade 2: 188T with 128D],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn#1A, syn31H, 42E, syn147F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .188A, 189T, 190E, 200T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .210N, 225G, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238K, 240N, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[1918, WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . syn213F (TTt) [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 87N, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . 275I [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human 2011
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 225N, 230I, 238K],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E, 225G, 230I, 238K],
. . . . . . . . syn287G (GGg) [H3N2 Avian with 159S],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Canine & Feline],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E, syn104L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166R, syn184H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 225G, 238K, syn346G]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 42E, 189T, 225G, 238D, 253A],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn305K (AAg) [H2N2 Avian & Human (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian (gcg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Gharbiyah/Qena Avian 2008 (AAa)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Human VietJP4207_2005 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2001-2006 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt (gAg)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn397G, syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 swine
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1S, 219K, 225G, 230I, 491R],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933 (gAg)],
. . . . . . . . syn334G (GGa) [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 200T, 208K, 210N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238K, syn287G, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian wt
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 156E, syn213F, syn346G, et al],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918, WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . syn337A (GCa) [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [pH1N1 Clade 2: 188T with 158E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn#1A, syn31H, syn147F, 166R
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188A, 190E, 200T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210N, 225G, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238K, 240N, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . syn346G (GGa) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Human & Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Preschool 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1, H6N2, H6N4 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn391T (ACg) [H3N2 Human wt (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4 Avian wt (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3 Avian wt (cag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Avian, Equine, Marine Mammal (cag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Human 2009 (Aag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian 2011 (Aag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H11 Avian extensive],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . syn397G (GGc) [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, syn181G, 188T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210N, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313K, syn334G, syn337A, 377K,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3 Avian (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human & Avian (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Human (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent (Gac)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, syn220R, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . 516V [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with 17N])
. . . . Arizona02_43F_2011_03_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI319993
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (0 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn139L (TTa),
. . . . . . . . syn300N (AAc),
. . . . . . . . syn327R (CGt),
. . . . . . . . syn330D (GAc),
. . . . . . . . syn453V (GTt))
Last Update
2011-07-20
On 2011-06-21, the lead public health agency from the United States released 50 sequences at GISAID containing a subset from a heavily zoonotic sub-clade that is circulating across a worldwide geography in Americans and in individuals of at least 11 other nationalities. Eight matched pairs (HA and NA segments) from the emergent sub-clade are found in this deposit.
This Pandemic H1N1 Upsilon Sub-Clade is termed as pH1N1υ for reference brevity and encompasses the 230I-Permissive, 189T-Bearing Hydra that has emerged from January 2010 to April 2011 across 62 HA and 53 NA sequences defining a clinical subset of 58 cases, including fatalities, vaccine escape situations and TamiFlu resistance. Across the HA segments (19 Fragments), 745 polymorphisms are found (93 distinct). The NA is less volatile, but does lead other sub-clades with 251 polymorphisms spread over 68 distinct codons.
Although complete clinical outcomes are not forthcoming, the Case Fatality Rate for pH1N1υ cases remains at or above 5% for a number of reasons, including very high Zoonotic Potential scores indicating rapid acquisition of genetic material from animal reservoirs. This sub-clade displays hypermorphic behaviour, carrying an average of 12 changes per HA and 4.7 per NA. At this analysis, GeneWurx investigates the potential donor reservoirs for the late season 2011 sequence that bears the highest count of pH1N1υ HA polymorphisms, Arizona02_43F_2011_03_08. The HA polymorphism count of 19 (7 Amino and 12 Silent) and 6 for the NA (0 Amino and 6 Silent) ranks this sequence within the ultimate decile of cladded pH1N1 sequences.
Four HA revisions novel to pH1N1υ demonstrate a continued genetic re-seeding though the base of this sub-clade is founded on a significant immune escape charge. A triad of novelties (210N, syn334G, syn337A) are found individually and grouped on various animal reservoirs closely related to the change pattern for pH1N1υ, H2N2 and H6N1. The fourth novelty, 516V, appears within H2N2. The 210N and syn337A have recently appeared on pH1N1 Clade 2: 188T.
Sequences
Clade 1.Upsilon:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K
. . . . Arizona02_43F_2011_03_08 (
. . . . . . . . Zoonotic Potential: 100%
. . . . . . . . GISAID HA EPI319994
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (7 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn31H (CAt) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 with syn40H],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Europe Avian 1999-2009
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2002-2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Africa Avian 2004-2008],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian and Human wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 1988-1989
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 219K, 225G, 230I, syn397G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn82I, 87N, syn118E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 158E, 200T, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn287G, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933],
. . . . . . . . 34D [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . syn55L (TTa) [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Azerbaijan Human 2006],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Feline with syn40H, syn469E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with syn184H, 189T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian (cTa)],
. . . . . . . . syn118E (GAa) [H3N8 Equine wt, Canine wt, Swine wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2009-2010 (cAa):
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ckEgypt1055_2010_02,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . dkEgypt0972NLQP_2009_04],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4, H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn31H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn40H, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144K, 156E, 158E, 158N, 159G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200T, 218S, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 230I, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn287G, 313I, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K, 523A, 523I],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn140P (CCa) [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . 149N [H3N8 Equine, Canine, Avian, Swine (Agc)],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (Agc)
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 238K, 275I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (cgc)],
. . . . . . . . . . . . [H4 Avian],
. . . . . . . . 165N [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn334G, syn346G, 377K, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn294P, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N, syn177L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn207S, syn213F, syn221P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human with 225N, 230I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline, Mink
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225G, 230I],
. . . . . . . . . . . . [WSZ_1933],
. . . . . . . . 189T [H3N2 Human (aaa, aag, agg)]
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2009],
. . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165K, 188T, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn334G, syn346G, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn42G, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, syn404E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . with 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Europe 2009
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn42G, 72L, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159T, 186P, 188T, syn346G],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Farm
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn40H, syn42G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72L, syn80S, syn81Y, 87N
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144E, 158E, 186P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230I, 237I, syn346G, 523A],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Human, Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 200T, 208K, 225E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238D, 238K, 253A],
. . . . . . . . . . . . [1918 with 186P, 208K, 219A, 225G, 252I],
. . . . . . . . 210N mix wt [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [pH1N1 Clade 2: 188T with 128D],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn#1A, syn31H, 42E, syn147F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .188A, 189T, 190E, 200T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .210N, 225G, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238K, 240N, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[1918, WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . syn213F (TTt) [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 87N, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . 275I [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human 2011
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 225N, 230I, 238K],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E, 225G, 230I, 238K],
. . . . . . . . syn287G (GGg) [H3N2 Avian with 159S],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Canine & Feline],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E, syn104L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166R, syn184H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 225G, 238K, syn346G]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 42E, 189T, 225G, 238D, 253A],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn305K (AAg) [H2N2 Avian & Human (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian (gcg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Gharbiyah/Qena Avian 2008 (AAa)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Human VietJP4207_2005 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2001-2006 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt (gAg)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn397G, syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 swine
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1S, 219K, 225G, 230I, 491R],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933 (gAg)],
. . . . . . . . syn334G (GGa) [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 200T, 208K, 210N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238K, syn287G, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian wt
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 156E, syn213F, syn346G, et al],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918, WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . syn337A (GCa) [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [pH1N1 Clade 2: 188T with 158E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn#1A, syn31H, syn147F, 166R
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188A, 190E, 200T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210N, 225G, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238K, 240N, syn346G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . syn346G (GGa) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Human & Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Preschool 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1, H6N2, H6N4 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn391T (ACg) [H3N2 Human wt (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4 Avian wt (gag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3 Avian wt (cag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Avian, Equine, Marine Mammal (cag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Human 2009 (Aag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian 2011 (Aag)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H11 Avian extensive],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . syn397G (GGc) [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, syn181G, 188T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210N, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313K, syn334G, syn337A, 377K,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3 Avian (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N7 Human & Avian (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Human (Gac)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent (Gac)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, syn220R, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . 516V [Novel to pH1N1υ],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with 17N])
. . . . Arizona02_43F_2011_03_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI319993
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (0 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn139L (TTa),
. . . . . . . . syn300N (AAc),
. . . . . . . . syn327R (CGt),
. . . . . . . . syn330D (GAc),
. . . . . . . . syn453V (GTt))
Japan Publishes 22 TamiFlu Resistant Sequences and 19 Vaccine Escape Markers
Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.
Last Update
2011-07-20
On 2011-07-01, the National Institute of Infectious Diseases (NIID) of Japan published sequences of 74 pH1N1 segments (40 HA and 34 NA) at GISAID with no clinical outcome noted, but with manifestations of drug resistance markers related to TamiFlu Resistance spread across multiple geographies. All HA segments are fragments. Multi-clade augmentation, sometimes termed “clade-jumping”, is noted. The high CFR Upsilon sub-clade (pH1N1υ) presents in Japan with one entry.
340 HA Polymorphisms across 100 codons for an average of 8.5 changes per HA.
262 NA Polymorphisms across 64 codons for an average of 7.7 changes per NA.
----
602 Total Polymorphisms.
Vaccine Escape Modulators: 19
HA 156E (2)
HA 156E mix wt (3)
HA 156Q (1, Investigational)
HA 157E mix wt (1)
HA 158E mix wt (9)
HA 159D mix wt (2)
HA 194I mix wt (1, Investigational)
TamiFlu Resistance (Genetic): 22 sequences
JapanNara59_2011_03_02_TmX
JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX
JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX
JapanTochigi64_2011_02_23_TmX
JapanNara56_2011_02_21_TmX
JapanNara54_2011_02_21_TmX
JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247
JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX
JapanOita77_2011_02_10_TmX
JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX
JapanOita72_2011_02_08_TmX
JapanAkita5_2011_02_03_TmX
JapanKagawa1_2011_01_31_TmX
JapanGifu21_2011_01_19_TmX
JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX
JapanChiba1027_2011_01_11_TmX
JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX
JapanShiga28_2011_01_04_TmX
JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX
Sequences
Clade 1.Upsilon:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K
. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321458
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . syn31H (CAt) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 with syn40H],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Europe Avian 1999-2009
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2002-2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Africa Avian 2004-2008],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian and Human wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 1988-1989
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 219K, 225G, 230I, syn397G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn82I, 87N, syn118E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 158E, 200T, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn287G, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933],
. . . . . . . . 34D [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . syn55L (TTa) [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Azerbaijan Human 2006],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Feline with syn40H, syn469E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with syn184H, 189T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H2N2 Human and Avian (cTa)],
. . . . . . . . syn118E (GAa) [H3N8 Equine wt, Canine wt, Swine wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2009-2010 (cAa):
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ckEgypt1055_2010_02,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . dkEgypt0972NLQP_2009_04],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4, H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn31H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn40H, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144K, 156E, 158E, 158N, 159G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200T, 218S, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 230I, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn287G, 313I, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K, 523A, 523I],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn140P (CCa) [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . 149N [H3N8 Equine, Canine, Avian, Swine (Agc)],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (Agc)
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 238K, 275I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (cgc)],
. . . . . . . . . . . . [H4 Avian],
. . . . . . . . 165N [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn346G, 377K, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn294P, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N, syn177L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn207S, syn213F, syn221P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human with 225N, 230I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline, Mink
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225G, 230I],
. . . . . . . . . . . . [WSZ_1933],
. . . . . . . . syn184H (CAc) [H5N1 Human Fatality 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Equine, Avian emergent],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3, H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6, H7N3, H7N7, H9N2, H11]
. . . . . . . . 189T [H3N2 Human (aaa, aag, agg)]
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2009],
. . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165K, 188T, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn346G, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn42G, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, syn404E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . with 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Europe 2009
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn42G, 72L, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159T, 186P, 188T, syn346G],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Farm
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn40H, syn42G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72L, syn80S, syn81Y, 87N
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144E, 158E, 186P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230I, 237I, syn346G, 523A],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Human, Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 200T, 208K, 225E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238D, 238K, 253A],
. . . . . . . . . . . . [1918 with 186P, 208K, 219A, 225G, 252I],
. . . . . . . . syn213F (TTt) [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 87N, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . 275I [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Human 2011
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 225N, 230I, 238K],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E, 225G, 230I, 238K],
. . . . . . . . syn287G (GGg) [H3N2 Avian with 159S],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Canine & Feline],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E, syn104L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166R, syn184H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 225G, 238K, syn346G]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 42E, 189T, 225G, 238D, 253A],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn305K (AAg) [H2N2 Avian & Human (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian (gcg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Gharbiyah/Qena Avian 2008 (AAa)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Human VietJP4207_2005 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2001-2006 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt (gAg)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn397G, syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 swine
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1S, 219K, 225G, 230I, 491R],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933 (gAg)],
. . . . . . . . syn346G (GGa) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Human & Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Preschool 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1, H6N2, H6N4 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321457
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (0 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn139L (TTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn300N (AAc),
. . . . . . . . syn327R (CGt),
. . . . . . . . syn330D (GAc),
. . . . . . . . syn453V (GTt))
Clade 2:
188T
. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321478
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#8V (GTg) mix wt,
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn121P (CCa) mix wt,
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321477
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 127S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 263T mix wt,
. . . . . . . . syn315G (GGg) mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 397D mix wt,
. . . . . . . . syn436I (ATt) mix wt)
. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321482
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 77N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321481
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321476
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 194I mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . 218E mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321475
. . . . . . . . Crossing with Upsilon
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanGifu_C31_2011_02_22 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321419
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321462
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321461
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn28N (AAt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn202A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 247N,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShimane140_2011_02_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321428
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn15S (TCt),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn196Q (CAa),
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321472
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 166E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321471
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321470
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321469
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321468
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321467
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIshikawa58_2011_02_12 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321454
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn259A (GCg),
. . . . . . . . 275A [Potentially New to 188T, not found up to 2011-05-17]
. . . . . . . . . . . . [Assoc TmX],
. . . . . . . . . . . . [Assoc pH1N1 RBS 159S, 186P, 188N, 189T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . 208K, 218E, 219V, 226R, 230I],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321466
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 114I mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321465
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321464
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122E mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321463
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321436
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321435
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)
. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321434
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . syn176V (GTt) mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321433
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451H mix,
. . . . . . . . 451N mix)
. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321432
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321431
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)
. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321430
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321429
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N,
. . . . . . . . syn453V (GTa) mix wt)
. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321460
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321459
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 249E mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321418
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 1V,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321417
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321441
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 132D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 212Q mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321440
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn127L (TTa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321474
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128S,
. . . . . . . . 131T mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn322R (AGa) mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321473
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn140L (CTg),
. . . . . . . . syn207K (AAa) mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn444S (TCt))
. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321425
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 156Q,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321424
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanHamamatu_C7_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321452
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 214N mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321438
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321437
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321447
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 31Y mix wt,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa),
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321446
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321445
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa) [Upsilon],
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa) [Upsilon],
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321444
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (6 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . 134F [Domaining with Upsilon 132F, 133F],
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKumamoto7_2011_01_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321426
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321451
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321450
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321449
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321448
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
Clade 3:
186P
. . . . JapanYamagata203_2011_02_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321427
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 50I,
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321480
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . syn#5L (tTA),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 296H,
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321479
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 389V,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321456
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 212E mix wt,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321455
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
Clade 4:
128D
. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321490
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 12V mix wt,
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321489
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn142D (GAt) mix wt,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn381T (ACc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321488
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321487
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321486
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321485
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321443
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321442
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 185N mix wt,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . 220K mix wt,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn409H (CAc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321423
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321422
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321421
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321420
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
Clade 5:
208K, 219V
. . . . JapanHiroshima66_2011_02_23 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321439
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
No Clade
. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321484
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (3 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 6I,
. . . . . . . . 124I,
. . . . . . . . 307S,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321483
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn64Q (CAa),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 382E,
. . . . . . . . syn440G (GGa))
Last Update
2011-07-20
On 2011-07-01, the National Institute of Infectious Diseases (NIID) of Japan published sequences of 74 pH1N1 segments (40 HA and 34 NA) at GISAID with no clinical outcome noted, but with manifestations of drug resistance markers related to TamiFlu Resistance spread across multiple geographies. All HA segments are fragments. Multi-clade augmentation, sometimes termed “clade-jumping”, is noted. The high CFR Upsilon sub-clade (pH1N1υ) presents in Japan with one entry.
340 HA Polymorphisms across 100 codons for an average of 8.5 changes per HA.
262 NA Polymorphisms across 64 codons for an average of 7.7 changes per NA.
----
602 Total Polymorphisms.
Vaccine Escape Modulators: 19
HA 156E (2)
HA 156E mix wt (3)
HA 156Q (1, Investigational)
HA 157E mix wt (1)
HA 158E mix wt (9)
HA 159D mix wt (2)
HA 194I mix wt (1, Investigational)
TamiFlu Resistance (Genetic): 22 sequences
JapanNara59_2011_03_02_TmX
JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX
JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX
JapanTochigi64_2011_02_23_TmX
JapanNara56_2011_02_21_TmX
JapanNara54_2011_02_21_TmX
JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247
JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX
JapanOita77_2011_02_10_TmX
JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX
JapanOita72_2011_02_08_TmX
JapanAkita5_2011_02_03_TmX
JapanKagawa1_2011_01_31_TmX
JapanGifu21_2011_01_19_TmX
JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX
JapanChiba1027_2011_01_11_TmX
JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX
JapanShiga28_2011_01_04_TmX
JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX
Sequences
Clade 1.Upsilon:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K
. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321458
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . syn31H (CAt) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 with syn40H],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Europe Avian 1999-2009
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2002-2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Africa Avian 2004-2008],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian and Human wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 1988-1989
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 219K, 225G, 230I, syn397G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn82I, 87N, syn118E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 158E, 200T, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn287G, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933],
. . . . . . . . 34D [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . syn55L (TTa) [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Azerbaijan Human 2006],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Feline with syn40H, syn469E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian with syn184H, 189T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H2N2 Human and Avian (cTa)],
. . . . . . . . syn118E (GAa) [H3N8 Equine wt, Canine wt, Swine wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2009-2010 (cAa):
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ckEgypt1055_2010_02,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . dkEgypt0972NLQP_2009_04],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4, H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn31H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn40H, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144K, 156E, 158E, 158N, 159G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200T, 218S, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 230I, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn287G, 313I, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K, 523A, 523I],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn140P (CCa) [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . 149N [H3N8 Equine, Canine, Avian, Swine (Agc)],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (Agc)
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 238K, 275I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (cgc)],
. . . . . . . . . . . . [H4 Avian],
. . . . . . . . 165N [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn346G, 377K, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn294P, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N, syn177L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn207S, syn213F, syn221P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human with 225N, 230I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline, Mink
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225G, 230I],
. . . . . . . . . . . . [WSZ_1933],
. . . . . . . . syn184H (CAc) [H5N1 Human Fatality 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Equine, Avian emergent],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3, H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6, H7N3, H7N7, H9N2, H11]
. . . . . . . . 189T [H3N2 Human (aaa, aag, agg)]
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2009],
. . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165K, 188T, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn346G, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn42G, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, syn404E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . with 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Europe 2009
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn42G, 72L, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159T, 186P, 188T, syn346G],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Farm
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn40H, syn42G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72L, syn80S, syn81Y, 87N
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144E, 158E, 186P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230I, 237I, syn346G, 523A],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Human, Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 200T, 208K, 225E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238D, 238K, 253A],
. . . . . . . . . . . . [1918 with 186P, 208K, 219A, 225G, 252I],
. . . . . . . . syn213F (TTt) [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 87N, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . 275I [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Human 2011
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 225N, 230I, 238K],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E, 225G, 230I, 238K],
. . . . . . . . syn287G (GGg) [H3N2 Avian with 159S],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Canine & Feline],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E, syn104L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166R, syn184H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 225G, 238K, syn346G]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 42E, 189T, 225G, 238D, 253A],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn305K (AAg) [H2N2 Avian & Human (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian (gcg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Gharbiyah/Qena Avian 2008 (AAa)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Human VietJP4207_2005 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2001-2006 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt (gAg)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn397G, syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 swine
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1S, 219K, 225G, 230I, 491R],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933 (gAg)],
. . . . . . . . syn346G (GGa) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Human & Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Preschool 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1, H6N2, H6N4 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321457
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (0 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn139L (TTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn300N (AAc),
. . . . . . . . syn327R (CGt),
. . . . . . . . syn330D (GAc),
. . . . . . . . syn453V (GTt))
Clade 2:
188T
. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321478
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#8V (GTg) mix wt,
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn121P (CCa) mix wt,
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321477
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 127S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 263T mix wt,
. . . . . . . . syn315G (GGg) mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 397D mix wt,
. . . . . . . . syn436I (ATt) mix wt)
. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321482
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 77N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321481
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321476
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 194I mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . 218E mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321475
. . . . . . . . Crossing with Upsilon
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanGifu_C31_2011_02_22 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321419
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321462
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321461
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn28N (AAt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn202A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 247N,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShimane140_2011_02_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321428
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn15S (TCt),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn196Q (CAa),
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321472
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 166E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321471
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321470
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321469
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321468
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321467
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIshikawa58_2011_02_12 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321454
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn259A (GCg),
. . . . . . . . 275A [Potentially New to 188T, not found up to 2011-05-17]
. . . . . . . . . . . . [Assoc TmX],
. . . . . . . . . . . . [Assoc pH1N1 RBS 159S, 186P, 188N, 189T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . 208K, 218E, 219V, 226R, 230I],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321466
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 114I mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321465
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321464
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122E mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321463
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321436
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321435
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)
. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321434
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . syn176V (GTt) mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321433
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451H mix,
. . . . . . . . 451N mix)
. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321432
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321431
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)
. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321430
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321429
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N,
. . . . . . . . syn453V (GTa) mix wt)
. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321460
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321459
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 249E mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321418
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 1V,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321417
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321441
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 132D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 212Q mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321440
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn127L (TTa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321474
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128S,
. . . . . . . . 131T mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn322R (AGa) mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321473
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn140L (CTg),
. . . . . . . . syn207K (AAa) mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn444S (TCt))
. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321425
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 156Q,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321424
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanHamamatu_C7_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321452
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 214N mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321438
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321437
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321447
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 31Y mix wt,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa),
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321446
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321445
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa) [Upsilon],
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa) [Upsilon],
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321444
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (6 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . 134F [Domaining with Upsilon 132F, 133F],
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKumamoto7_2011_01_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321426
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321451
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321450
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321449
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321448
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
Clade 3:
186P
. . . . JapanYamagata203_2011_02_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321427
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 50I,
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321480
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . syn#5L (tTA),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 296H,
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321479
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 389V,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321456
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 212E mix wt,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321455
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
Clade 4:
128D
. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321490
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 12V mix wt,
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321489
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn142D (GAt) mix wt,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn381T (ACc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321488
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321487
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321486
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321485
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321443
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321442
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 185N mix wt,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . 220K mix wt,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn409H (CAc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321423
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321422
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321421
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321420
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
Clade 5:
208K, 219V
. . . . JapanHiroshima66_2011_02_23 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321439
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
No Clade
. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321484
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (3 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 6I,
. . . . . . . . 124I,
. . . . . . . . 307S,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321483
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn64Q (CAa),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 382E,
. . . . . . . . syn440G (GGa))
Japan Demonstrates 5 TamiFlu Resistant Sequences and 5 Vaccine Escape Markers
Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.
Last Update
2011-07-20
On 2011-06-24, the National Institute of Infectious Diseases (NIID) of Japan published sequences of 50 pH1N1 segments (30 HA and 20 NA) at GISAID with no clinical outcome noted, but with manifestations of drug resistance markers related to TamiFlu Resistance spread across multiple geographies. All HA segments are fragments.
216 HA Polymorphisms across 71 codons for an average of 7.2 changes per HA.
142 NA Polymorphisms across 48 codons for an average of 7.1 changes per NA.
----
358 Total Polymorphisms.
Vaccine Escape Modulators: 5
HA 156E (1)
HA 157E mix wt (1)
HA 158E mix wt (2)
TamiFlu Resistance (Genetic): 5 sequences
JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX
JapanOsaka52_2011_02_04_TmX
JapanNiigata214_2011_02_04_TmX
JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX
JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX
Sequences
Clade 2:
188T
. . . . JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320266
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320265
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . Niigata214_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320247
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 86P mix wt,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn299H (CAc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . Niigata214_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320246
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 71D mix wt,
. . . . . . . . syn210G (GGa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . JapanOsaka52_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320269
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOsaka52_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320268
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320245
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 71D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320244
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . syn434N (AAt))
. . . . JapanIwate1011_2011_01_26 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320255
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn161Y (TAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn317L (tTG),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320274
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320273
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . JapanHokkaido32_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320237
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn262R (AGg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHyogo4012_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320241
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 17G,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 197D mix wt,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHyogo4012_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320240
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanOsaka45_2011_01_21 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320264
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuokaC8_2011_01_20 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320235
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 241G,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane57_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320254
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKitakyusyu8_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320267
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 214N mix wt,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . 301V,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuoka19_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320236
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanEhime4_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320249
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . syn125S (TCc),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 163R,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanEhime4_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320248
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn460G (GGc))
. . . . JapanShimane37_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320253
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (6 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn125S (TCc),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 163R,
. . . . . . . . 165I,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn283Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane37_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320252
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn460G (GGc))
. . . . JapanSagamihara5_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320239
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanSagamihara5_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320238
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanKumamotoC7_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320234
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKumamotoC7_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320233
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanShimane24_2011_01_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320261
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . #3I,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . 297D,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane24_2011_01_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320260
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (4 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKobe463_2011_01_12 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320257
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKobe463_2011_01_12 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320256
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (7 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn28N (AAt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 70N,
. . . . . . . . 200S mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . 322L,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanWakayama8_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320251
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama8_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320250
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . JapanIshikawa22183_2011_01_10 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320232
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 212E mix wt,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIshikawa22183_2011_01_10 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320231
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (6 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 49S mix wt,
. . . . . . . . 215I mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanSakai2_2011_01_04 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320262
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki55_2010_12_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320272
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn332L (CTg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
Clade 3:
186P
. . . . JapanHiroshimaC28_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320243
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHiroshimaC28_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320242
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 29M,
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
. . . . JapanYamagata54_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320263
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn92T (ACa) mix wt,
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
Clade 4:
128D
. . . . JapanWakayamaC49_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320280
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC49_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320279
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayamaC48_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320278
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC48_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320277
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayamaC47_2010_12_05 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320276
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC47_2010_12_05 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320275
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanOsaka_C25_2010_12_03 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320271
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (1 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn#5L (CTg),
. . . . . . . . syn60I (ATc),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOsaka_C25_2010_12_03 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320270
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (4 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . 264I,
. . . . . . . . syn339S (TCa),
. . . . . . . . 359V,
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 442I)
Clade 5:
208K, 219V
. . . . JapanKobe536_2011_02_02 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320259
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKobe536_2011_02_02 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320258
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (1 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn229S (TCc),
. . . . . . . . syn236G (GGc),
. . . . . . . . syn241V (GTg),
. . . . . . . . 299A)
Last Update
2011-07-20
On 2011-06-24, the National Institute of Infectious Diseases (NIID) of Japan published sequences of 50 pH1N1 segments (30 HA and 20 NA) at GISAID with no clinical outcome noted, but with manifestations of drug resistance markers related to TamiFlu Resistance spread across multiple geographies. All HA segments are fragments.
216 HA Polymorphisms across 71 codons for an average of 7.2 changes per HA.
142 NA Polymorphisms across 48 codons for an average of 7.1 changes per NA.
----
358 Total Polymorphisms.
Vaccine Escape Modulators: 5
HA 156E (1)
HA 157E mix wt (1)
HA 158E mix wt (2)
TamiFlu Resistance (Genetic): 5 sequences
JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX
JapanOsaka52_2011_02_04_TmX
JapanNiigata214_2011_02_04_TmX
JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX
JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX
Sequences
Clade 2:
188T
. . . . JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320266
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHiroshima55_2011_02_09_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320265
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . Niigata214_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320247
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 86P mix wt,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn240G (GGg),
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn299H (CAc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . Niigata214_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320246
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 71D mix wt,
. . . . . . . . syn210G (GGa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))
. . . . JapanOsaka52_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320269
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOsaka52_2011_02_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320268
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320245
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 71D,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuoka37_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320244
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn382G (GGa),
. . . . . . . . syn434N (AAt))
. . . . JapanIwate1011_2011_01_26 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320255
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn161Y (TAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn317L (tTG),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320274
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOkinawa40_2011_01_25_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320273
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . JapanHokkaido32_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320237
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn262R (AGg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHyogo4012_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320241
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 17G,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 197D mix wt,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHyogo4012_2011_01_25 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320240
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanOsaka45_2011_01_21 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320264
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuokaC8_2011_01_20 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320235
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 241G,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane57_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320254
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKitakyusyu8_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320267
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 214N mix wt,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . 301V,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShizuoka19_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320236
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn342G (GGa),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanEhime4_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320249
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . syn125S (TCc),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 163R,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanEhime4_2011_01_18 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320248
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn460G (GGc))
. . . . JapanShimane37_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320253
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (6 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn125S (TCc),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 163R,
. . . . . . . . 165I,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn214K (AAa),
. . . . . . . . syn283Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane37_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320252
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn460G (GGc))
. . . . JapanSagamihara5_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320239
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanSagamihara5_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320238
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanKumamotoC7_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320234
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKumamotoC7_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320233
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))
. . . . JapanShimane24_2011_01_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320261
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . #3I,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . 297D,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanShimane24_2011_01_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320260
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (4 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanKobe463_2011_01_12 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320257
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKobe463_2011_01_12 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320256
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (7 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn28N (AAt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 70N,
. . . . . . . . 200S mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . 322L,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanWakayama8_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320251
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayama8_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320250
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))
. . . . JapanIshikawa22183_2011_01_10 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320232
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 212E mix wt,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanIshikawa22183_2011_01_10 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320231
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (6 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 49S mix wt,
. . . . . . . . 215I mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)
. . . . JapanSakai2_2011_01_04 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320262
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanMiyazaki55_2010_12_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320272
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (3 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn332L (CTg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
Clade 3:
186P
. . . . JapanHiroshimaC28_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320243
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanHiroshimaC28_2011_01_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320242
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 29M,
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)
. . . . JapanYamagata54_2011_01_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320263
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn92T (ACa) mix wt,
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
Clade 4:
128D
. . . . JapanWakayamaC49_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320280
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC49_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320279
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayamaC48_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320278
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC48_2010_12_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320277
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanWakayamaC47_2010_12_05 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320276
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanWakayamaC47_2010_12_05 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320275
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))
. . . . JapanOsaka_C25_2010_12_03 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320271
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (1 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn#5L (CTg),
. . . . . . . . syn60I (ATc),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanOsaka_C25_2010_12_03 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320270
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (4 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . 264I,
. . . . . . . . syn339S (TCa),
. . . . . . . . 359V,
. . . . . . . . 397K,
. . . . . . . . 442I)
Clade 5:
208K, 219V
. . . . JapanKobe536_2011_02_02 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI320259
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)
. . . . JapanKobe536_2011_02_02 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI320258
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (1 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn89S (TCt),
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn229S (TCc),
. . . . . . . . syn236G (GGc),
. . . . . . . . syn241V (GTg),
. . . . . . . . 299A)
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