Japan Publishes 22 TamiFlu Resistant Sequences and 19 Vaccine Escape Markers

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked spreadsheet for completeness in citation.

Last Update
2011-07-20

On 2011-07-01, the National Institute of Infectious Diseases (NIID) of Japan published sequences of 74 pH1N1 segments (40 HA and 34 NA) at GISAID with no clinical outcome noted, but with manifestations of drug resistance markers related to TamiFlu Resistance spread across multiple geographies.  All HA segments are fragments.  Multi-clade augmentation, sometimes termed “clade-jumping”, is noted.  The high CFR Upsilon sub-clade (pH1N1_υ) presents in Japan with one entry.

340 HA Polymorphisms across 100 codons for an average of 8.5 changes per HA.
262 NA Polymorphisms across 64 codons for an average of 7.7 changes per NA.
----
602 Total Polymorphisms.


Vaccine Escape Modulators: 19

HA 156E (2)
HA 156E mix wt (3)
HA 156Q (1, Investigational)
HA 157E mix wt (1)
HA 158E mix wt (9)
HA 159D mix wt (2)
HA 194I mix wt (1, Investigational)

TamiFlu Resistance (Genetic): 22 sequences

JapanNara59_2011_03_02_TmX
JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX
JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX
JapanTochigi64_2011_02_23_TmX
JapanNara56_2011_02_21_TmX
JapanNara54_2011_02_21_TmX
JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247
JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX
JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX
JapanOita77_2011_02_10_TmX
JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX
JapanOita72_2011_02_08_TmX
JapanAkita5_2011_02_03_TmX
JapanKagawa1_2011_01_31_TmX
JapanGifu21_2011_01_19_TmX
JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX
JapanChiba1027_2011_01_11_TmX
JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX
JapanShiga28_2011_01_04_TmX
JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX

Sequences

Clade 1.Upsilon:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K

. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321458
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . syn31H (CAt) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 with syn40H],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Europe Avian 1999-2009
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2002-2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 34D, syn40H, syn42G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Africa Avian 2004-2008],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian and Human wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal 1988-1989
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 219K, 225G, 230I, syn397G],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn82I, 87N, syn118E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 158E, 200T, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn287G, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933],
. . . . . . . . 34D [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . syn55L (TTa) [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . .  [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Azerbaijan Human 2006],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . .  [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H5N1 Feline with syn40H, syn469E],
. . . . . . . . . . . . . . . . .  [H2N2 Avian with syn184H, 189T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . .[H2N2 Human and Avian (cTa)],
. . . . . . . . syn118E (GAa) [H3N8 Equine wt, Canine wt, Swine wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2009-2010 (cAa):
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ckEgypt1055_2010_02,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . dkEgypt0972NLQP_2009_04],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H4, H6N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, 8V, 22I, syn31H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn40H, syn42G, 72L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn80S, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144K, 156E, 158E, 158N, 159G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200T, 218S, 218V,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn228G, 230I, 231S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn287G, 313I, syn346G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450D, 453K, 502K, 523A, 523I],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn140P (CCa) [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . 149N [H3N8 Equine, Canine, Avian, Swine (Agc)],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (Agc)
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 238K, 275I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian (cgc)],
. . . . . . . . . . . . [H4 Avian],
. . . . . . . . 165N [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 188T, 225G, 230I, 275I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn346G, 377K, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian Emergent
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn294P, 296H, syn404E],
. . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N, syn177L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188T, syn207S, syn213F, syn221P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Human with 225N, 230I],
. . . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline, Mink
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225G, 230I],
. . . . . . . . . . . . [WSZ_1933],
. . . . . . . . syn184H (CAc) [H5N1 Human Fatality 2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Equine, Avian emergent],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human and Avian]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3, H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6, H7N3, H7N7, H9N2, H11]
. . . . . . . . 189T [H3N2 Human (aaa, aag, agg)]
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2009-2010],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2009],
. . . . . . . . . . . . [H6N1 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 165K, 188T, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 275I, syn346G, syn390N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 39E, syn40H, syn42G, syn93C,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn181G, 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, syn404E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H9N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . with 189T, 190E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, syn294P, 296H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn399E, 453K, 502K],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Europe 2009
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn42G, 72L, syn81Y, syn82I, 87N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159T, 186P, 188T, syn346G],
. . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian Farm
. . . . . . . . . . . . . . . . with #1T, syn40H, syn42G,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72L, syn80S, syn81Y, 87N
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144E, 158E, 186P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230I, 237I, syn346G, 523A],
. . . . . . . . . . . . [H2N2 Human, Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . with 200T, 208K, 225E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 238D, 238K, 253A],
. . . . . . . . . . . . [1918 with 186P, 208K, 219A, 225G, 252I],
. . . . . . . . syn213F (TTt) [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . . . . . . . . . .  [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 87N, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . .  [H1N1 Avian],
. . . . . . . . 275I [H6N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . [H1N1 Avian],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Human 2011
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 225N, 230I, 238K],
. . . . . . . . . . . [H3N2 Avian, Canine, Feline
. . . . . . . . . . . . . . . with 165N, 190E, 225G, 230I, 238K],
. . . . . . . . syn287G (GGg) [H3N2 Avian with 159S],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Canine & Feline],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2008-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Avian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn31H, 42E, syn104L,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166R, syn184H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189T, 225G, 238K, syn346G]
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N2 Human
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with 42E, 189T, 225G, 238D, 253A],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . syn305K (AAg) [H2N2 Avian & Human (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H2N3 Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8 Avian (gcg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Gharbiyah/Qena Avian 2008 (AAa)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Human VietJP4207_2005 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Asia Avian 2001-2006 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Avian (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 Human Seasonal wt (gAg)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with syn12A, syn42G, 48K, syn84E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn218A, 218T, 218S,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219K, 225G, 230I,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn397G, syn494E],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H1N1 swine
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1S, 219K, 225G, 230I, 491R],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [1918 (gAg)],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [WSN_1933, WSZ_1933 (gAg)],
. . . . . . . . syn346G (GGa) [H2N2 Human and Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N2 Human & Avian wt],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H3N8],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Preschool 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Human Gharbiyah, 80% CFR],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Equine 2009],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1 Egypt Avian 2007-2010],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1, H6N2, H6N4 Avian],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H10N7 Avian 2008
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . with #1V, 87N, syn94Y, 100N, syn102E,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156E, 157E, 163T, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn177L, 188T, syn221P, syn207S, syn213F,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225G, 230I, 233H, 237I, syn239P,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn338G, syn346G, syn356H,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . syn390N, syn391T],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [S8, 1918], [swBelgium1_1998],
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanFukui67_2011_03_01 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321457
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (0 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . syn139L (TTa),
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn300N (AAc),
. . . . . . . . syn327R (CGt),
. . . . . . . . syn330D (GAc),
. . . . . . . . syn453V (GTt))

Clade 2:
188T

. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321478
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#8V (GTg) mix wt,
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn121P (CCa) mix wt,
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanKochi40_2011_03_14 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321477
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 127S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 263T mix wt,
. . . . . . . . syn315G (GGg) mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 397D mix wt,
. . . . . . . . syn436I (ATt) mix wt)

. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321482
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 77N,
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanHokkaido93_2011_02_28_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321481
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321476
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 194I mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 205E mix wt,
. . . . . . . . 218E mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanTochigi64_2011_02_23_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321475
. . . . . . . . Crossing with Upsilon
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanGifu_C31_2011_02_22 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321419
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn130D (GAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321462
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanMiyazaki40_2011_02_18_TmX247 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321461
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn28N (AAt),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn202A (GCt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 247N,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanShimane140_2011_02_17 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321428
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . #6M,
. . . . . . . . syn15S (TCt),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn196Q (CAa),
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn258F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321472
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 166E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki108_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321471
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321470
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki107_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321469
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321468
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 159D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki106_2011_02_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321467
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanIshikawa58_2011_02_12 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321454
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn221P (CCa),
. . . . . . . . syn259A (GCg),
. . . . . . . . 275A [Potentially New to 188T, not found up to 2011-05-17]
. . . . . . . . . . . . [Assoc TmX],
. . . . . . . . . . . . [Assoc pH1N1 RBS 159S, 186P, 188N, 189T,
. . . . . . . . . . . . . . . . . 208K, 218E, 219V, 226R, 230I],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321466
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 114I mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki104_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321465
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321464
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122E mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 157E mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn222K (AAg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIbaraki103_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321463
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn291V (GTa),
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321436
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanOita78_2011_02_10 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321435
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)

. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321434
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . syn176V (GTt) mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanOita77_2011_02_10_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321433
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (6 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451H mix,
. . . . . . . . 451N mix)

. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321432
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanOita76_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321431
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N)

. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321430
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn98F (TTt),
. . . . . . . . syn122K (AAa),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 150S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanOita72_2011_02_08_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321429
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn104N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 451N,
. . . . . . . . syn453V (GTa) mix wt)

. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321460
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanYamanashi222_2011_02_03 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321459
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 249E mix wt,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321418
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 1V,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128D mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanAkita5_2011_02_03_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321417
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321441
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 132D mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 212Q mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanKagawa1_2011_01_31_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321440
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn127L (TTa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa))

. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321474
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (6 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 128S,
. . . . . . . . 131T mix wt,
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 156E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn322R (AGa) mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanGifu21_2011_01_19_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321473
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn140L (CTg),
. . . . . . . . syn207K (AAa) mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn304V (GTa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn444S (TCt))

. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321425
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 156Q,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanWakayama_C6_2011_01_16_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321424
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanHamamatu_C7_2011_01_11 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321452
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn10Y (TAc),
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 146G,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 214N mix wt,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321438
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanChiba1027_2011_01_11_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321437
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321447
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 31Y mix wt,
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa),
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanTottori8_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321446
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321445
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa) [Upsilon],
. . . . . . . . 156E,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn238E (GAa) [Upsilon],
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanTottori8_M1M2_2011_01_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321444
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (6 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 119K mix wt,
. . . . . . . . 134F [Domaining with Upsilon 132F, 133F],
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanKumamoto7_2011_01_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321426
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (4 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . 122N mix wt,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321451
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanShiga28_M1M1_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321450
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321449
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn34N (AAt),
. . . . . . . . syn42G (GGa),
. . . . . . . . 87N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 200T,
. . . . . . . . 206A,
. . . . . . . . 239S,
. . . . . . . . syn296Q (CAa),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanShiga28_2011_01_04_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321448
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn338V (GTg),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 415M)

Clade 3:
186P

. . . . JapanYamagata203_2011_02_14 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321427
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 50I,
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321480
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (5 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . syn#5L (tTA),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 296H,
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanAichi172_2011_03_07 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321479
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (5 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn45Q (CAa),
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 389V,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)

. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321456
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn#12K (AAa),
. . . . . . . . 137T,
. . . . . . . . 144S,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn163K (AAa),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 212E mix wt,
. . . . . . . . syn251L (CTg),
. . . . . . . . syn287G (GGg),
. . . . . . . . syn293L (CTt),
. . . . . . . . 298V,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanIshikawa70_2011_03_01_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321455
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 46T,
. . . . . . . . syn126P (CCt),
. . . . . . . . syn187G (GGt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 313R,
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . syn430R (CGg),
. . . . . . . . 467V)

Clade 4:
128D

. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321490
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 12V mix wt,
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanNara59_2011_03_02_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321489
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (4 Amino and 6 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn142D (GAt) mix wt,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn381T (ACc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))

. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321488
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanNara56_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321487
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (4 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn451D (GAt))

. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321486
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (2 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanNara48_2011_02_08 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321485
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))

. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321443
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (3 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn177L (CTa),
. . . . . . . . 210N mix wt [Upsilon],
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanNara54_2011_02_21_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321442
. . . . . . . . 11 Polymorphisms (6 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . syn169P (CCt),
. . . . . . . . 185N mix wt,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . 220K mix wt,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn409H (CAc) mix wt,
. . . . . . . . syn451D (GAt))

. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321423
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (2 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . syn178V (GTa),
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanWakayama_C53_2010_12_19 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321422
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))

. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321421
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn44L (tTA),
. . . . . . . . syn106E (GAa),
. . . . . . . . 128D,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn272D (GAc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanWakayama_C50_2010_12_09 (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321420
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (3 Amino and 4 Silent)
. . . . . . . . 15I,
. . . . . . . . 83A,
. . . . . . . . 189S,
. . . . . . . . syn238C (TGt),
. . . . . . . . syn264V (GTt),
. . . . . . . . syn275H (CAt),
. . . . . . . . syn451D (GAt))

Clade 5:
208K, 219V

. . . . JapanHiroshima66_2011_02_23 (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321439
. . . . . . . . 10 Polymorphisms (5 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . syn82I (ATc),
. . . . . . . . syn93C (TGc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 141Q,
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn307P (CCc),
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

No Clade

. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID HA EPI321484
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (3 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 6I,
. . . . . . . . 124I,
. . . . . . . . 307S,
. . . . . . . . HA Truncated after aa348)

. . . . JapanNagasaki_C58_2009_10_26_TmX (
. . . . . . . . GISAID NA EPI321483
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (2 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn64Q (CAa),
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . 382E,
. . . . . . . . syn440G (GGa))

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