2013-11-06

HA 46R: pH1N1 Vaccine Escape & Child Dynamic

Sequences discussed in this analysis are variously stored publicly at GenBank and at GISAID. We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GenBank and from GISAID’s EpiFlu™ Database on which this research is based. A GISAID-generated list is detailed in a linked Excel for completeness in citation.

Publish Date : 2013-11-06
Last Update : 2013-12-30
Gain of Function Empiriks
by
Polymorphism
pH1N1 HA 46R
pH1N1 Vaccine Escape & Child Dynamic: HA 46R
Map - Active and Detailed
HA 46R: Features by SubClade
Clinical and Genetic Features
24 Cases over 29 Sequences

Key Severity Indicators
Vaccine Escape Diversity
TypeObservationCount
 PhenoTypic Vaccinated 201301
 GenoTypic VxX 158E01
 GenoTypic VxX 225G01
Clinical Severity and Drug Resistance
Sample
Date		NameFindingID
 2009_08_21  BrazilGoias69866_50F_VxX_f Fatal EPI335496 
 2013_07_01  BrazilSaoPauloSorocaba1117706_1F_VxX_s InPatient EPI484739 
 2009_07_29  AustriaLower245_St1_29F_s InPatient EPI353337 
 2013_06_18  Haiti2030_C2C1_4x_TmX Drug
 Resistant		 EPI465403 

CrossClade Analytics
pH1N1
100% CrossClade for 2013
Sample
Date		NameClade
Name		ID
 2013_08_02  Delaware09_C1_xF CrossClade:
 188T_208K		 EPI466955 
 2013_07_01  BrazilSaoPauloSorocaba1117706_1F_VxX_s CrossClade:
 188T_208K		 EPI484739 
 2013_06_18  Haiti2030_C2C1_4x_TmX CrossClade:
 188T_208K		 EPI465403 
 2013_06_13  Peru152_C1C1_2M CrossClade:
 188T_208K		 EPI467373 
 2013_06_12  DominicanRep7603_C1_26F CrossClade:
 186P_188T_208K		 EPI467203 
 2013_06_10  DominicanRep7703_C1_56F CrossClade:
 188T_208K		 EPI467200 
 2013_06_02  Haiti1792_C2C2_1F CrossClade:
 175K_188T_208K		 EPI465708 
 2013_05_01  DominicanRep7293_E3E1_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI477012 
 2013_05_01  DominicanRep7293_C2M1_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI477010 
 2013_05_01  DominicanRep7293_E4_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI468082 
 2013_05_01  DominicanRep7293_C2_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI466874 
 2013_05_01  DominicanRep7293_E2_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI457507 
 2013_05_01  DominicanRep7293_C1_19F CrossClade:
 188T_208K		 EPI457503 
 2013_05_01  DominicanRep7291_C1_25F_VxX CrossClade:
 124N_188T_208K		 EPI457456 
 2013_01_23  Macau600062_M3_3F CrossClade:
 188T_208K		 EPI450490 

Cross SeroType Analytics
HA Set Polymorphic Homology
SeroTypeCountPercent
 avH1N1farm5147%
 H5N15147%
 H6N14138%
 H7N73835%
Origin-Seeking HA 46R
SeroType
 avH1N1farm
 H6N1

Isolate Metrics
Calendar
Sample
Year		Count
 201310
 201201
 201103
 201003
 200907
Age / Gender Dynamic
ObservationPercent
 Child or
  ChildBearing Age female		89%
 Child Aged 14 or Under61%
 Child Aged 04 or Under44%
Cladistics
CladeNameCount
 CrossClade:
 188T_208K		14
 UnCladed10
 Clade2:188T03
 CrossClade:
 124N_188T_208K		01
 CrossClade:
 175K_188T_208K		01
 CrossClade:
 186P_188T_208K		01
 Clade5:208K_219V01

HA Polymorphisms

. . . . Delaware09_C1_xF_2013_08_02 (
. . . . . . . . A/Delaware/09/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI466955
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145524
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (13 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 405E mix wt,
. . . . . . . . 437I mix wt [H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . . . . [Emergent H7N9 LookAsided]
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn471Y (TAt),
. . . . . . . . 502K)

. . . . BrazilSaoPauloSorocaba1117706_1F_2013_07_01_VxX_s (
. . . . . . . . A/Sao Paulo/11-17706/2013
. . . . . . . . Vaccinated 2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . Deposit Report
. . . . . . . . GISAID HA EPI484739
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_149724
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (13 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R [pH1N1 Rare: 24 Cases over 29 Sequences (map),
. . . . . . . . . . . . . . 100% CrossClade: 2013 Cases,
. . . . . . . . . . . . . . . . . Delaware 2013-08-02,
. . . . . . . . . . . . . . Fatality 2009,
. . . . . . . . . . . . . . Hospitalisation 2009,
. . . . . . . . . . . . . . Vaccine Escape: Count 03,
. . . . . . . . . . . . . . TamiFlu Resistance,
. . . . . . . . . . . . . . Age / Gender Dynamic:
. . . . . . . . . . . . . . . . . 89% = Child or ChildBearing Age Female
. . . . . . . . . . . . . . . . . 61% = Child Age 14 or Under
. . . . . . . . . . . . . . . . . 44% = Child Age 04 or Under],
. . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 190G [pH1N1 Rare: 17 Cases over 19 Sequences (map),
. . . . . . . . . . . . . . . . . . Fatalities,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . Vaccine Escapes,
. . . . . . . . . . . . . . . . . . Infants],
. . . . . . . . syn195Y (TAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn464G (GGg),
. . . . . . . . 502K [pH1N1 Upsilon],
. . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . [H7N7 Passerine, Anser & Galliformes],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H9N2],
. . . . . . . . . . . . [WSN, WSZ],
. . . . . . . . 530A [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H9N2])

. . . . Haiti2030_C2C1_4x_2013_06_18_TmX (
. . . . . . . . A/Haiti/2030/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant GenoType NA 275Y
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI465403
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145078
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (12 Amino and 14 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 259T,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCa),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn485G (GGa),
. . . . . . . . syn498L (TTg),
. . . . . . . . 502K)

. . . . Peru152_C1C1_2M_2013_06_13 (
. . . . . . . . A/Peru/152/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI467373
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145661
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (12 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 374V,
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn494E (GAa),
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7603_C1_26F_2013_06_12 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7603/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 186P, 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI467203
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145629
. . . . . . . . 24 Polymorphisms (13 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 186P,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 440H mix wt,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7703_C1_56F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7703/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI467200
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145628
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (11 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn199D (GAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Haiti1792_C2C2_1F_2013_06_02 (
. . . . . . . . A/Haiti/1792/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . CrossClade 175K, 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI465708
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145096
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (13 Amino and 10 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 175K,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 333L mix [H6N1],
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_E3E1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Rep/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI477012
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148585
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (16 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 130E [H5N1 wild type],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 285S,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_C2M1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Rep/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI477010
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148584
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (14 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 212N,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_C2_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI466874
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145504
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (14 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 212N mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_E4_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI468082
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145497
. . . . . . . . 27 Polymorphisms (16 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 130E [H5N1 wild type],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 226R,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 285S,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_E2_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI457507
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142877
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (15 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 130E [H5N1 wild type],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 285S,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7293_C1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI457503
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142876
. . . . . . . . 25 Polymorphisms (14 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 74Y,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 212N mix wt,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . DominicanRep7291_C1_25F_2013_05_01_VxX (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7291/2013
. . . . . . . . Vaccine Escape Genotype HA 158E
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 124N, 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI457456
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142866
. . . . . . . . 26 Polymorphisms (14 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . 124N,
. . . . . . . . 158E mix wt,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . syn276H (CAt),
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . 445M,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K,
. . . . . . . . syn546L (tTA))

. . . . Macau600062_M3_3F_2013_01_23 (
. . . . . . . . A/MACAU/600062/2013
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID HA EPI450490
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_141597
. . . . . . . . 22 Polymorphisms (11 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn#4Y (TAc),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn77S (AGt),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 119M [Emergent H7N9],
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 237I,
. . . . . . . . 286E,
. . . . . . . . 289V [pH1N1 with HA 230I,
. . . . . . . . . . . . Ukraine123_2010_02_14_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 186P, 208K, 230I,
. . . . . . . . . . . . UKGlascow_SC10_2009_06
. . . . . . . . . . . . . . . . with HA 225G],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . syn333F (TTc),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . syn372Q (CAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn379T (ACc),
. . . . . . . . syn396V (GTg),
. . . . . . . . syn414V (GTa),
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 502K)

. . . . Brazil3479_C1C1_14M_2012_10_16 (
. . . . . . . . A/Brazil/3479/2012
. . . . . . . . GISAID HA EPI409895
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_133154
. . . . . . . . 19 Polymorphisms (8 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . #2V,
. . . . . . . . syn0T (ACa),
. . . . . . . . syn41N (AAt),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn86S (TCc),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn179L (CTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn212K (AAa),
. . . . . . . . 263T [H6N1],
. . . . . . . . syn308K (AAg),
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn458N (AAt),
. . . . . . . . syn464G (GGg),
. . . . . . . . syn465N (AAt))

. . . . KenyaRVP193_M1_1F_2011_11_16 (
. . . . . . . . A/Kenya/193/2011
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 262K
. . . . . . . . GISAID HA EPI357510
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_106803
. . . . . . . . 23 Polymorphisms (11 Amino and 12 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . 26D,
. . . . . . . . syn30T (ACg),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 140S,
. . . . . . . . syn158G (GGg),
. . . . . . . . syn179L (tTg),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn189A (GCa),
. . . . . . . . syn261E (GAg),
. . . . . . . . 262K [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . syn319T (ACg),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn448L (TTg),
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . 458T,
. . . . . . . . syn460A (GCt),
. . . . . . . . syn470F (TTc),
. . . . . . . . syn546L (CTt),
. . . . . . . . 547L)

. . . . KenyaRVP196_M1_13F_2011_11_10 (
. . . . . . . . A/Kenya/196/2011
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 260R
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . Clade5: 208K_219V
. . . . . . . . GISAID HA EPI357513
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_106806
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (9 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 1T,
. . . . . . . . 26D,
. . . . . . . . syn30T (ACg),
. . . . . . . . syn39K (AAa),
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn47L (CTg),
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . syn102E (GAa),
. . . . . . . . syn157K (AAg),
. . . . . . . . syn170N (AAc),
. . . . . . . . 208K,
. . . . . . . . 219V,
. . . . . . . . 252L,
. . . . . . . . syn369K (AAa),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . syn446K (AAa),
. . . . . . . . syn464G (GGg),
. . . . . . . . 513T)

. . . . SwedenLinkoping4_24F_2011_01_05 (
. . . . . . . . A/Linkoping/4/2011
. . . . . . . . GISAID HA EPI316316
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_89889
. . . . . . . . 8 Polymorphisms (5 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 100N,
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn245F (TTt),
. . . . . . . . syn338G (GGc),
. . . . . . . . 377K,
. . . . . . . . 454N,
. . . . . . . . syn537S (AGc))

. . . . ChinaQingdao123_2010_02 (
. . . . . . . . A/Qingdao/123/2010
. . . . . . . . GISAID HA EPI287698
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_81585
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (2 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 131P)

. . . . JapanTottoriST499_M_2010_01 (
. . . . . . . . A/Tottori/ST499/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI394502
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_128786
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn134G (GGc),
. . . . . . . . 140L,
. . . . . . . . 160T,
. . . . . . . . 377V,
. . . . . . . . syn413K (AAg),
. . . . . . . . 458T)

. . . . JapanTottoriST494_M_2010_01 (
. . . . . . . . A/Tottori/ST494/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI394501
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_128785
. . . . . . . . 7 Polymorphisms (5 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn134G (GGc),
. . . . . . . . 140L,
. . . . . . . . 160T,
. . . . . . . . 377V,
. . . . . . . . syn413K (AAg),
. . . . . . . . 458T)

. . . . JapanHiroshimaC395_M2+1_2009_11_24 (
. . . . . . . . A/HIROSHIMA-C/395/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI240592
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_69056
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (4 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn134G (GGc),
. . . . . . . . 140L,
. . . . . . . . 160T,
. . . . . . . . syn413K (AAg),
. . . . . . . . 458T)

. . . . NewYorkNiagara5141_5mM_2009_10_16 (
. . . . . . . . A/New York/5141/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI246596
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_71255
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (2 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn131S (TCa),
. . . . . . . . 276Y [GreeceGiannitsa1052_78F_2011_02_10_f],
. . . . . . . . syn390N (AAc),
. . . . . . . . syn548C (TGc))

. . . . Malaysia2173411_P1_2009_09_15 (
. . . . . . . . A/Malaysia/2173411/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI374151
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_120468
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (1 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn242K (AAg),
. . . . . . . . syn325P (CCt))

. . . . NorwayMoreOgRomsdal3370_M1_0F_2009_09_01 (
. . . . . . . . A/Norway/3370/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI218346
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_62580
. . . . . . . . 5 Polymorphisms (3 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . syn85T (ACg),
. . . . . . . . 298T mix wt,
. . . . . . . . 324I,
. . . . . . . . syn413K (AAg))

. . . . BrazilGoias69866_50F_2009_08_21_VxX_f (
. . . . . . . . A/Goias/69866/2009
. . . . . . . . Fatality
. . . . . . . . Vaccine Escape Genotype HA 225G
. . . . . . . . GISAID HA EPI335496
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_95971
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (2 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 225G)

. . . . Iowa07_C1_11M_2009_08_01 (
. . . . . . . . A/Iowa/07/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI211434
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_60803
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (3 Amino and 1 Silent)
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . 206S,
. . . . . . . . syn216E (GAg),
. . . . . . . . 244I)

. . . . AustriaLower245_St1_29F_2009_07_29_s (
. . . . . . . . A/Austria/245/2009
. . . . . . . . GISAID HA EPI353337
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_103663
. . . . . . . . 3 Polymorphisms (3 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . HA Truncated before aa#12,
. . . . . . . . #8L,
. . . . . . . . 33I,
. . . . . . . . 46R,
. . . . . . . . HA Truncated after aa371)

NA Polymorphisms

. . . . Delaware09_C1_xF_2013_08_02 (
. . . . . . . . A/Delaware/09/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI466954
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145524
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (6 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn110S (TCa),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . 220K,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa),
. . . . . . . . syn453V (GTt))

. . . . Haiti2030_C2C1_4x_2013_06_18_TmX (
. . . . . . . . A/Haiti/2030/2013
. . . . . . . . TamiFlu Resistant GenoType NA 275Y
. . . . . . . . H7N9 Correlation HA 119M
. . . . . . . . Rare Set HA 237I and HA 259T
. . . . . . . . CrossClade 188T and 208K
. . . . . . . . GISAID NA EPI465402
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145078
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 138T [H9N2],
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 275Y,
. . . . . . . . syn320G (GGa),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . Peru152_C1C1_2M_2013_06_13 (
. . . . . . . . A/Peru/152/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI467372
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145661
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (7 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 72I,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 138T [H9N2],
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7603_C1_26F_2013_06_12 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7603/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI467202
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145629
. . . . . . . . 14 Polymorphisms (5 Amino and 9 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn125S (TCt),
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn370G (GGc),
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7703_C1_56F_2013_06_10 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7703/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI467199
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145628
. . . . . . . . 15 Polymorphisms (7 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 77V [H5N9 Emu],
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 138T [H9N2],
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn390K (AAa),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . Haiti1792_C2C2_1F_2013_06_02 (
. . . . . . . . A/Haiti/1792/2013
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI465474
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145096
. . . . . . . . 18 Polymorphisms (7 Amino and 11 Silent)
. . . . . . . . syn12S (TCa),
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . syn82S (TCt),
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . 138T [H9N2],
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn217K (AAa),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 314M [avH1N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn395G (GGg),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_E3E1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Rep/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477013
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148585
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_C2M1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Rep/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI477011
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_148584
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_C2_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI466873
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145504
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_E4_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI466821
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_145497
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_E2_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI457506
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142877
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 284N mix wt [Emergent H7N9 First Base Donor aAg],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7293_C1_19F_2013_05_01 (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7293/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI457502
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142876
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (5 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . DominicanRep7291_C1_25F_2013_05_01_VxX (
. . . . . . . . A/Dominican Republic/7291/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI457455
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_142866
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (5 Amino and 8 Silent)
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . syn183A (GCa),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt),
. . . . . . . . syn404G (GGa))

. . . . Macau600062_M3_3F_2013_01_23 (
. . . . . . . . A/MACAU/600062/2013
. . . . . . . . GISAID NA EPI450489
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_141597
. . . . . . . . 13 Polymorphisms (6 Amino and 7 Silent)
. . . . . . . . syn21N (AAt),
. . . . . . . . 42K,
. . . . . . . . 44S,
. . . . . . . . 106V,
. . . . . . . . syn176S (TCg),
. . . . . . . . 200S,
. . . . . . . . syn205V (GTa) [Emergent H7N9 wild type],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . syn209N (AAt),
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn378N (AAt))

. . . . Brazil3479_C1C1_14M_2012_10_16 (
. . . . . . . . A/Brazil/3479/2012
. . . . . . . . GISAID NA EPI409894
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_133154
. . . . . . . . 9 Polymorphisms (4 Amino and 5 Silent)
. . . . . . . . syn162P (CCc),
. . . . . . . . 188T,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . syn351F (TTt),
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc),
. . . . . . . . 467V)

. . . . KenyaRVP196_M1_13F_2011_11_10 (
. . . . . . . . A/Kenya/196/2011
. . . . . . . . H7N9 Correlation NA 260R
. . . . . . . . Diverse Neuraminidase
. . . . . . . . GISAID NA EPI357514
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_106806
. . . . . . . . 12 Polymorphisms (9 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 4T,
. . . . . . . . 19V,
. . . . . . . . syn47E (GAg),
. . . . . . . . 82P,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 260R [Emergent H7N9],
. . . . . . . . . . . . [avH1N1farm],
. . . . . . . . . . . . [H5N1],
. . . . . . . . . . . . [H6N1],
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . 394I,
. . . . . . . . 461D,
. . . . . . . . 468G)

. . . . SwedenLinkoping4_24F_2011_01_05 (
. . . . . . . . A/Linkoping/4/2011
. . . . . . . . GISAID NA EPI316317
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_89889
. . . . . . . . 6 Polymorphisms (3 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . 54V,
. . . . . . . . syn240T (ACc),
. . . . . . . . 241I,
. . . . . . . . 369K,
. . . . . . . . syn377P (CCa),
. . . . . . . . syn416D (GAc))

. . . . NewYorkNiagara5141_5mM_2009_10_16 (
. . . . . . . . A/New York/5141/2009
. . . . . . . . GISAID NA EPI246598
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_71255
. . . . . . . . 1 Polymorphisms (1 Amino and 0 Silent)
. . . . . . . . 81A)

. . . . Malaysia2173411_P1_2009_09_15 (
. . . . . . . . A/Malaysia/2173411/2009
. . . . . . . . GISAID NA EPI374153
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_120468
. . . . . . . . 2 Polymorphisms (0 Amino and 2 Silent)
. . . . . . . . syn82S (TCa),
. . . . . . . . syn393I (ATa))

. . . . Iowa07_C1_11M_2009_08_01 (
. . . . . . . . A/Iowa/07/2009
. . . . . . . . GISAID NA EPI211435
. . . . . . . . GISAID Isolate EPI_ISL_60803
. . . . . . . . 4 Polymorphisms (1 Amino and 3 Silent)
. . . . . . . . syn20A (GCc),
. . . . . . . . 26L,
. . . . . . . . syn364S (AGt),
. . . . . . . . syn443I (ATc))

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pH1N1 Influenza Hemagglutinin & Neuraminidase Segments elucidated at 2013-11-03-23_23_58_369050 by GeneWurx see.PolyDetector v0, Copyright 2007-2013.

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