January to June 2010 Expansion of One Hydra
Follow 6 HA polymorphisms (3 silent) tracing onto 11 sequences through 7 distinct geographic locations:
34D, 165N, 189T, syn213F, syn305K, syn346G.
Five of the six polymorphisms are found in animal influenza reservoirs (zoonotic) and the sixth shares nucleotide homology with recognised zoonotic reservoirs. Is this another strain linking the US to flu strains from the Ukraine, India or Russia?
. . . . GermanyAF2207_2010_01_19 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . syn213F TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . HA truncated after aa386)
. . . . Arizona03_2010_03_06 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . syn213F TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f])
. . . . Wisconsin03_2010_03_12 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 39E,
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f])
. . . . GermanyAF2210_2010_03_18 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . syn188S [NY6943_2009_12_07_xL with 189T],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . syn213F TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . 377K [H9N2],
. . . . . . . . HA truncated after aa386)
. . . . Minnesota04_2010_03_22 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . 218V,
. . . . . . . . 230I (ATa) [Prediction, Prediction of Spread],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . 313I [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f])
. . . . Hawaii06_2010_04_19 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f])
. . . . UkrDnipropetrovsk445_2010_04_19 (
. . . . . . . . #1V,
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . 274S,
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . syn413K [H9N2])
. . . . Wisconsin06_2010_04_28 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . syn379T)
. . . . Calif09_2010_05_11 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . 313S,
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . syn356H,
. . . . . . . . syn390N [H2, H3N8, H5, H6, H7N3, H7N7, H9N2, H11])
. . . . Arizona06_2010_05_29 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 158E mix,
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . 214E mix,
. . . . . . . . syn275V,
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f],
. . . . . . . . syn399E),
. . . . Texas03_2010_06_01 (
. . . . . . . . 34D [H5N1],
. . . . . . . . . . . [Orenburg2974_2009_11_16_xL
. . . . . . . . . . . . . . . . with 225N],
. . . . . . . . 165N [Salekhard01_2009_xL_f
. . . . . . . . . . . . . . . . with 158E and 225G,
. . . . . . . . . . . . Fukuoka_C34_2010_04_09
. . . . . . . . . . . . . . . . with 230I (ATa)],
. . . . . . . . 189T [H9N2],
. . . . . . . . 213F syn TTt [H5N1, H7N3, H7N7, H9N2],
. . . . . . . . 260V,
. . . . . . . . 275I,
. . . . . . . . syn287G [H5N1],
. . . . . . . . syn305K [H7N3, H7N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Colorado03_2010_02_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .Vermont30_2009_12_22
. . . . . . . . . . . . . . . . . with 127L, 165N,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1761_2009_11_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn35L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .SpainCatS1501_2009_10_08
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ChinaQingdao1261_2009_09_15
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn43K, 125P, 131P,
. . . . . . . . . . . . . . .Berlin83_2009_08_25
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .ItalyPavia66_2009_08_16
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn166K,
. . . . . . . . . . . . . . .SchleswigHolstein16_2009_08_14
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn413K,
. . . . . . . . . . . . . . .Bratislava1258_2009_08_09
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K, syn391T,
. . . . . . . . . . . . . . .Slovenia2628_2009_07_01
. . . . . . . . . . . . . . . . . with syn23L, syn166K],
. . . . . . . . syn346G [H3N2, H3N8, H5N1, H6N2, H6N4, H10N7],
. . . . . . . . . . . . . . [Fixed in non-PF11 Emergent swine lineages,
. . . . . . . . . . . . . . swNC19646_2010_04_20 with 158E,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada01_2010_01_02,
. . . . . . . . . . . . . . Nevada20_2009_12_03,
. . . . . . . . . . . . . . Sachsen180_2009_12_02,
. . . . . . . . . . . . . . Lisboa108_2009_11_30 with 225E, syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS2206_2009_11_25 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . GhanaFS1982_2009_11_16 with syn228G,
. . . . . . . . . . . . . . NewMexico16MXC1_2009_11_07,
. . . . . . . . . . . . . . BZ_RioJaneiro7131_2009_08_01_f])
Please refer to additional studies for further genetic analyses, including the survey on amino acid revisions potentially related to Vaccine Escape. A hyper-morphic, TamiFlu-resistant sequence from the state of Washington in Spring 2010 has recently been profiled with similar zoonotic influences.
Updated Study on this Topic:
- 2010-09-27 225G Sequence from Pennsylvania Extends Sub-Clade with Fatality Markers from Russia and Brasil
